Вы совершенно правы, обратив внимание на устаревшую рекомендацию 2007 года: с точки зрения орфографических норм и тенденции в их развитии следует рекомендовать дефисное написание со строчной буквы (том-ям).

Обстоятельство после создания альтернативной дороги нужно обособить: оно поясняет обстоятельство в 2014 году. Перед союзом и запятая будет не нужна, если ученым удалось полностью раскрыть мозаику в 2014 году (когда работы были возобновлены), и нужна, если это произошло позже (работы могли вестись не только в течение 2014 года).

Мы уже неоднократно указывали на желательность единообразного оформления таких сведений. Ведь сын Евгений родился не 19.09.1961–22.11.2007... Проблема здесь состоит не столько в пуктуации, сколько в общей логике изложения. Корректно: В семье Кузьмы и Зои родились трое детей: дочери Валентина (22 ноября 1953 года) и Лариса (21 сентября 1957 года) и сын Евгений (19 сентября 1961 года). 

Да, можно. Фраза «с наступающим» является формой поздравления, которую можно использовать перед любым праздником или событием.

Говоря о "практике письма" мы имеем в виду следующее. Одна из главных функций кавычек — выделительная, то есть, заключая то или иное слово или сочетание слов в кавычки, пишущий стремится обратить на них внимание. Поэтому правило о неиспользовании кавычек при написании наименований типа Эмпайр-стейт-билдинг, Крайслер-билдинг и под. применимо только к устоявшимся и широко известным названиям. 

Запятая не требуется, но не по причине инверсии, а потому, что придаточная часть усечена до одного союзного слова (как = «как она прекрасна») — см. пункт в) параграфа 115 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Обратите внимание, что в русской пунктуации при сочетании восклицательного знака и многоточия восклицательный знак ставится на месте первой точки в многоточии: Наша страна прекрасна, даже дух захватывает как!.. 

Да, смешение разных способов написания дат в одном тексте допустимо.
 

В данном случае слово среда и сочетание 12 июня 2024 года обозначают один и тот же день, а значит, перед нами поясняемое слово и пояснение. Запятая нужна.

Корректно: какой город достоин звания...

В нормативных словарях русского языка этот неологизм пока не представлен. Когда название кофейного напитка только появилось в русской речи, то можно было увидеть и вариант с двумя согласными буквами к; ср. в газетном тексте 2008 года: маккиато (эспрессо с капелькой взбитого молока). Однако сейчас чаще всего и в СМИ, и в художественных произведениях, и в кафе встречается написание макиато.