Мягкий знак как таковой не означает звука, он обозначает мягкость предшествующего согласного, поэтому и относится к той же морфеме, что и согласный. В данном случае – к корню. Окончание в слове вихрь нулевое.

Твердое или мягкое произношение того или иного звука в русском языке обусловлено как произношением его в языке-источнике, так и степенью освоенности слова русским языком. Ср. ин[т]ернет, но [т']ермин. 

В слове линия корень тоже линей, но й «спрятана» в букве я, которая обозначает два звука. Один из них относится к корню, другой представляет собой окончание существительного женского рода: линий-а.

Буква ё обозначает два звука – [j] и [о]. О здесь – окончание, а j – суффикс (как и в других собирательных существительных этого типа: зверьё, вороньё, комарьё и т. д.). См. § 402 академической «Русской грамматики».

Произношение таких слов следует уточнять по словарям. Например, на нашем портале в рубрике "Проверка слова" сведения о мягком и твердом произношении согласного звука перед Е приводит словарь "Русское словесное ударение" М. В. Зарвы.

Да, исторически в этом слове, восходящем к лат. ad-ulter «неверный, развратный», выделяется приставка ад-, за которой следует йотированная гласная буква ю, но ъ не пишется, так как в произношении нет звука [j].

После ж, ч, ш, щ пишется ё в тех корнях русских слов, где на месте ударного звука [о] после шипящих (печёнка) оказывается безударный (пе́чень). Ср. также: жёны — женá, щёлкнуть — щелчóк, щётка — щети́на.

По законам русской орфографии буква ъ может писаться только после согласных перед гласными, ее написание после гласных перед согласными невозможно. Разделительный ​​​​​​​ъ — сигнал того, что следующая буква обозначает два звука («йот» + гласный).

Буквы е, ё, ю, я обозначают два звука: согласный [j] и гласный [э], [о], [у], [а]. В форме маю согласный [j], являющийся частью корня, остается, окончание в этой форме – [у]. Аналогично: ма[jэ]м, ма[jа]м.