Дело здесь не в расстановке запятых. Предложение построено неправильно, ошибка в употреблении деепричастных оборотов: они не связаны с подлежащим (мысль). Всё предложение надо править. Например: Смотря на то, как растекается густая красная жидкость по водоёму, и покручивая в руках только что добытый клинок, я подумал...

Такое обращение не ошибка, оно применяется – в том числе при обозначении титула адресата в официальных письмах, посланиях – к главам иностранных государств. По отношению к монархам оно как раз таки не используется: к монархам обращаются Ваше Величество (при обозначении титула в официальном письме – Его Величеству, Ее Величеству).

1. Вы правы, задание некорректно составлено.  Слово осень можно разделить на слоги так, что первый слог будет состоять из одной буквы.

2. Это также ошибка. Двух гласных в слоге быть не должно. Обо всем этом можно прочитать в обычном школьном учебнике, и на учебник же сослаться.

У автора (Евгения Водолазкина) в тексте – с прописной. Однако в этой ситуации возможно двоякое понимание текста пишущим и, следовательно, двоякое написание. Поэтому Экспертная комиссия Тотального диктанта приняла решение считать допустимыми оба варианта – с прописной и строчной буквы. Ни один из них не будет засчитываться за ошибку.

Оба варианта корректны. Исследования показывают, что в случае обратного порядка слов (когда подлежащее, выраженное количественно-именным сочетанием, находится после сказуемого, как в Вашем примере) сказуемое чаще употребляется в единственном числе: В вагончике находится несколько человек. Но вариант с множественным числом (В вагончике находятся несколько человек) тоже не ошибка.

Это ошибка построения сложноподчиненного предложения. Невозможна придаточная часть одновременно с союзом чтобы и союзным словом который, да еще и относящаяся к двум разным главным частям. Союз чтобы связывает придаточную часть с частью мне пришлось открыть окно, а слово которой соотносится со словом рыба в первой части. 

Согласимся с Вами, что такое цитирование неправильно. Но так как это сложный случай, который не оговорен в справочниках и в школьных учебниках, то полагаем, что за ошибку в выпускном сочинении его считать не стоит. Для обеспечения единых критериев оценивания подобные случаи необходимо выносить на профессиональное обсуждение. 

В неопределенно-личных предложениях деепричастие всегда должно относиться к подразумеваемому неопределенному деятелю, например: Играя в гольф, обычно пользуются несколькими различными клюшками. Если это правило нарушается, возникает ошибка: *Окончив институт, выпускников направили на работу в московские школы  (закончили институт выпускники, а не те, кто направил их в московские школы). 
 

Про наречие, образованное от числительного, Вы правы, спасибо, ошибка исправлена. Что касается написания наречий, образованных от прилагательных с дефисным написанием, то «Правила русской орфографии и пунктуации» 2006 г. рекомендуют писать их с двумя дефисами: по-социал-демократически, по-жюль-верновски, по-тёти-Валиному и т. д. В этом смысле орфография поменялась.

В тексте, конечно, ошибка. Правильно окончание: журналистике. У слов фотография и журналистика разные окончания в одной и той же падежной форме, т. к. слова женского рода на -ия в дательном и предложном падеже ед. числа имеют в безударном положении, в отступление от общего правила, окончание -и, а не -е.