Судя по всему (хотя контекст предложения не приведен), сочетание в конце концов здесь имеет значение «после всего, в завершение, напоследок», выполняет функцию обстоятельства и не требует обособления. Подробнее см. «Справочник по пунктуации».
Да, такой вариант возможен. Вставная конструкция выделяется с помощью скобок или тире. По правилам в тексте вставной конструкции сохраняются все необходимые для нее знаки: запятая, восклицательный и вопросительный знаки, многоточие, двоеточие.
Если точнее, то согласование по форме мн. числа всегда происходит с определением: эти полпирожка, эти полкомнаты. При подлежащем, выраженном сложным словом с пол-, не имеющим при себе определения, глагол-сказуемое имеет обычно форму ед. числа: пройдет полгода, прошло полгода.
При наличии определения здесь нормальна форма мн. ч.: прошли долгие полгода. Определяющее прилагательное или причастие при словах типа полчаса, полверсты, полжизни всегда получает форму мн. ч.: томительные полчаса, последние полверсты, прожитые полжизни.
«Сложные существительные с первым компонентом пол- (полчаса, полдела, полведра, полдюжины, полпути) имеют ряд особенностей в словоизменении и родовой принадлежности. Эти особенности определяются сосуществованием в сложных словах с пол- признаков слова и словосочетания с числительными типа два часа, три ведра, две дюжины», — пишут авторы академической «Русской грамматики» (М., 1980).
Хороши — краткая форма прилагательного хорошие.
Придаточная часть отделяется от главной с помощью запятой: Он даже на работу отказался ехать, лишь бы побыть рядом с сыном.
Запятая не ставится.
Правило гласит, что, если придаточная часть усечена до одного союзного слова, запятая перед ней не ставится. Д. Э. Розенталь, однако, замечает, что «в условиях контекста возможна постановка запятой и перед одиночным союзным словом». Судя по иллюстративным примерам, это происходит в случаях, когда союзное слово требуется логически подчеркнуть, «отталкиваясь» от имеющегося в контексте местоименного слова типа что или что-то, сравним: Что же надо делать? Научите, что; Одно время он что-то шептал, не могли понять — что? (А. Т.). Ваш пример аналогичен приведенным: Ксения понимала, что он на что-то намекал, но непонятно, на что.
Запятая перед или нужна: ...может ли психопат проявлять эмпатию, или он будет игнорировать эмоции другого человека. Запятая перед или не ставится, если союзы ли… или соединяют однородные члены предложения, и ставится, если они соединяют части предложения.
Такой подход возможен и даже оправдан в ряде случаев, однако ограничения, связанные с его использованием, вызваны неопределяемостью термина "однозначное окончание". Можно, пожалуй, так сформулировать "работающее" правило: если точно знаешь одно личное окончание, то знаешь и остальные (зная спряжение).
Смысловых и стилистических отличий нет, варианты уверен, что... и уверен в том, что... равноправны. Правильно также: думал, что...; надеялся, что...; надеялся на то, что... (но не думал то что...; надеялся то что).
