Вопрос об употреблении слова тысяча является дискуссионным и недостаточно выясненным. В свое время Н. М. Карамзин писал: «Где же узнаете, как должно писать: с двумя стами Гранадер или Гранадерами, с двумя тысячами рублей или рублями? Вот камень преткновения! Вот узел Гордиев!» Этот гордиев узел не разрублен до сих пор, хотя со времен написанного Карамзиным прошло более двух веков. Л. К. Граудина называет слово тысяча грамматическим хамелеоном, поскольку оно ведет себя то как числительное, то как существительное. Это находит свое отражение даже в наличии двух форм тв. п. ед. ч.: тысячей и тысячью (вторая форма употребляется в составе количественных оборотов и образована по модели числительных — пятью, десятью и пр.). Двойственность грамматической природы слова тысяча проявляется и на уровне его сочетаемости в составе количественных оборотов. Часто утверждается, что слово тысяча в функции числительного согласуется с существительным, а в функции счетного существительного управляет существительным. Тем не менее, как отмечает Д. Э. Розенталь, «во множественном числе слово тысяча, как правило, употребляется в значении счетного существительного и управляет связанным с ним словом: город с двумя тысячами жителей».

Выбор варианта зависит от смысла. Если имеются в виду выпускники программы, то верен первый вариант. Если подготовка по программе, то второй.

Если коммерческую тайну составляет информация, а не ее передача, верен первый вариант. Если коммерческая тайна состоит в передаче информации, — второй.

Этот вопрос, увы, не имеет ответа. Поскольку верен только вариант Государственного бюджетного учреждения «Дом социального обслуживания "Филимонки"». 

С лексической точки зрения корректны сочетания типа ответить на запрос, удовлетворить запрос. Поэтому ни один из предложенных Вами вариантов не верен.  

Вариант аптечки первого, второго и третьего эшелона вполне верен, потому что в этом сочетании перечисляемые разновидности предметов или явлений внутренне связаны.

Сочетание красные финны вполне можно считать устоявшимся терминологическим наименованием и писать без кавычек.

См. в Справочнике по фразеологии.