Подлежащее — все они (сочетания местоимений типа всё это, все они и т. п. являются одним членом предложения), сказуемое — входят в семейство (тутовых). Это редкий случай использования глагола входить (в переносном и обедненном значении) в качестве полузнаменательной связки составного именного сказуемого. Основанием для такого решения является синонимичность этой фразы, например, такой: Все они являются тутовыми, где сказуемое являются тутовыми вполне обычное.

Тутовых можно счесть определением к семейству. Но можно считать семейство тутовых и синтаксически цельным словосочетанием, которое является одним — именным — компонентом сказуемого.

Уточняющее обстоятельство нужно выделить запятыми. Обратите внимание, что название села согласуется с определяемым словом: родилась в Башкортостане, в селе Петровском.

Кавычки уместны, если нужно обратить внимание адресата текста на слово нейронка или если нужно употребить это разговорное слово в нейтральном контексте.

Кавычки можно не ставить, если нет сомнений в том, что слово будет понятно читателю, и если стиль текста дает возможность употреблять разговорные слова.

Нет, не нужно.

Оба варианта корректны.

Слово вуз пишется строчными буквами: вуз, вуза, вузом.

В литературном языке употреблять слово пользовать вместо использовать некорректно.

А. Мы бы выбрали третий вариант.

Б. Если указание на год относится к словам, включенным в причастный оборот, то запятая не ставится.

Корректно: мутАбельный (склонный к мутациям, изменениям).

Это недавно заимствованное слово еще не зафиксировано в словарях русского языка. Оно пока только осваивается языком, поэтому «правильного» и «неправильного» варианта пока нет. Сравните: слово пиццерия в русский язык пришло гораздо раньше, но варианты ударения пиццерия и пиццерия даны в современных словарях как равноправные, т. е. язык еще не сделал выбор.

Вы можете спросить у шоколатье, как он сам произносит это слово, и использовать выбранный им вариант.