Запятая в позиции (2) не нужна. Между союзом и, в данном случае соединяющим части сложносочиненного предложения, и словом поэтому, с которого начинается вторая часть, нет оснований ставить запятую. Слово поэтому в словарях имеет разную грамматическую квалификацию, но ни в одном источнике не характеризуется как вводное слово.

Запятая перед союзом и нужна. Придаточная часть Вместо того чтобы объяснять каждую деталь о яблоках и бананах относится только к первой части сложносочиненного предложения (вы показываете ему множество примеров). Вторая часть (он начинает их сам различать) содержит следствие первой и повествует о другом «действующем лице».

Двумя запятыми выделен деепричастный оборот (вторая из них к тому же поставлена перед союзом но между частями сложносочиненного предложения); запятая разделяет однородные сказуемые не просил и чернел, соединенные бессоюзной связью; запятая поставлена между однородными определениями сером и блестящем посередине от масла (первое из них одиночное, второе распространенное).

Запятая нужна, она закрывает придаточную часть. Рекомендуем, однако, заменить тире на двоеточие, поскольку вторая часть бессоюзного сложного предложения называет причину того, что сказано в первой: Но и так было ясно, что поезд вот-вот въедет в туннель: склоны по обе стороны окна, покрытые сухой травой, надвигались всё ближе.

Вы приписываете семантике современного слова полное совпадение с первоначальным значением его исторического корня. Этимологически слова оскорблять и оскорбление действительно восходят к праславянскому скорбь, родственному, в частности, и слову ущерб. Однако на протяжении тясячелетий слова могут сужать либо расширять свои значения, порою и вовсе утрачивая связь с этимоном.

Вероятно, именно под влиянием латинского слова возник вариант ретинированный. Однако русская орфография требует единства графического облика корня, поэтому законам русского письма соответствует написание ретенция – ретенированный. Какой вариант – с е или с и – закрепится в практике письма, покажет время. Нельзя исключить и возможность слова попасть в исключения из правила.

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа. Грамматически правильно: две (три, четыре) новые новости. Сочетания, построенные по модели две (три, четыре) новых новости, возможны тоже. Обратите внимание: оборот новая новость тавтологичен. 

По сравнению с тем временем, когда В. И. Даль работал над словарем (вторая половина XIX века), – конечно, изменились. Тогда нормативным было написание с двумя Н, но вот уже более полувека единственно правильным является написание с одной Н: ветреный человек. По словарю Даля нельзя проверять орфографию современного русского языка.

Возможны варианты:

• Василий Пупкин, великий мошенник (подпись к картине, фотографии и т. д.; неполное предложение, восстанавливаемое из ситуации, сравним: На картине изображён Василий Пупкин, великий мошенник);
• Василий Пупкин: великий мошенник (заголовок текста как особая конструкция);
• Василий Пупкин — великий мошенник (простое предложение с подлежащим Василий Пупкин и сказуемым мошенник).