Приложение - Москва (название реки).
Если зависимых слов нет, то правильно написание с двумя Н.
Запятая не ставится.
Поскольку подлежащее (проведение) имеет форму единственного числа, то и именная часть сказуемого (является задачей), по логике, должна быть представлена существительным в единственном числе. Верно: Задачей настоящей проверки является проведение федерального государственного надзора, лицензионного контроля.
Корень леп/лип — это корень с чередованием, безударные гласные здесь не проверяются ударной позицией. Для этого корня действует особое правило: в корне леп/лип без ударения пишется и в словах с суффиксом -а- (не -я-), в остальных случаях пишется е, напр.: лепить, прилепить, но слипаться. Исключения: липучий, липучка.
Возможны варианты проф. переподготовка (графическое сокращение от профессиональная переподготовка) и профпереподготовка (сложносокращенное слово). Обычно используется сложносокращенное слово.