Да, названия городов и стран могут употребляться во множественном числе. Такое употребление возможно, когда речь идет, например, о нескольких населенных пунктах с одинаковым названием (в двух Санкт-Петербургах – российском и американском), а также в переносном значении, если имеются в виду разные стороны жизни одного города, одной страны (в этом смысле вполне возможно: две Москвы, три России и т. д.; у Маяковского есть стихотворение «Две Москвы», где одна – старая, дореволюционная, вторая – новая, советская). Что касается согласования с числительным пять, то образование формы родительного падежа мн. числа существительного Москва затруднительно. Если есть потребность в подобном сочетании, можно сказать, например, пять городов с названием Москва.
Кавычки не нужны.
Верно: 21 диск занял место.
Знаки препинания расставлены верно.
Ударение переходит на окончание: гвоздём программы.
Правила не менялись, перед союзом а также запятая, как правило, ставится. Но однозначно говорить о пунктуации при каком-либо слове в отрыве от контекста затруднительно.
Правильно:
Я стал легальным, хотя и временным жителем Люшона.
Запятая не нужна.
Слова стадо, стая и т. п. употребляются по отношению к животным, которые воспринимаются носителями языка как коллективные, держащиеся вместе или объединяющиеся для охоты, миграции и пр. (стадо оленей, стая саранчи). Удавов трудно представить себе в виде стада, а поскольку нет такого понятия, то и нет такого слова (ведь язык антропоцентричен).
Запятая поставлена правильно.