Корректно: заведующая.
Да, использование формы мужского рода заведующим в данном контексте допустимо и даже предпочтительно, т. к. имеется в виду прежде всего должность: сообщается, что в должности заведующего отделением сейчас работает Иванова.
Но и употребление формы женского рода не будет ошибкой.
Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. Кандидат наук – ученая степень, заслуженный работник – почетное звание. Запятая нужна.
Корректно: Заведующий кафедрой такой-то, председатель ОО "Инициатива" доктор математических наук, профессор Иван Петухов рассказал /.../. Обратите внимание: поставленные рядом должности, ученая степень, звание утяжеляют текст, поэтому предложение лучше перестроить.
Верно: заведующая амбулаторией.
Правильно: заведующий (заведующая) дневным отделением. Такие слова, как заведующий, управляющий, командующий (т. е. существительные, произошедшие из причастий), управляют творительным падежом.
См. вопрос 295269.
Правильно: заведующая филиалом.
