Раздельное написание возможно.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

На районе и в адрес (в указанном Вами контексте) — просторечные формы, их, действительно, лучше не использовать. Главными аргументами в борьбе за грамотность по-прежнему остаются словари.

Насчет макулатуры - слишком категоричное утверждение. Но в данном конкретном случае рекомендация справочника ошибочна.

В справочниках это правило приводится. Мы слово в слово процитировали справочник Д. Э. Розенталя «Пунктуация» (раздел «Прямая речь перед авторскими словами»). Другое дело, что такой случай пунктуационного оформления встречается нечасто, поэтому многие справочники об этом правиле даже не вспоминают.

Правила не менялись, по-прежнему верно: занять (у кого-либо) – взять деньги на время, взаймы, одолжить (кому-либо) – дать в долг взаймы. Пойдем – общеупотребительный и стилистически нейтральный вариант, пошли – разговорный, пошлите – за рамками литературного языка, это ошибка. Оплачивать за проезд – ошибка, правильно: оплачивать проезд, платить за проезд.

Вы приводите примеры очень распространенных ошибок, они действительно встречаются в речи многих людей, в том числе и в речи журналистов. Конечно, хотелось бы, чтобы речь в эфире была образцовой. Но всё-таки на центральных телеканалах и радиостанциях за грамотностью дикторов стараются следить.

Попробуем ответить весьма кратко. Мы полагаем, что правила существуют для человека, для передачи мыслей, а не человек - для правил. Поэтому давайте не обижать поэтов :)

Спасибо за письмо, обязательно возьмемся за обновление словарной базы, как только представится возможность.

Правильно: Эмпайр-стейт-билдинг. Допускается склонение только последней части этого сложносоставного слова (р. п. – ...билдинг и ...билдинга).

Нормативные словари русского языка всё же довольно четко разводят: надевать что-либо – одевать кого-либо. Правильно: я сегодня надел кепку.