Сочетание делай _ как я сказал — разговорная конструкция, эквивалентная сложноподчиненному предложению с отсутствующим соотносительным словом (сравним: Делай так, как я сказал). В общем случае запятая в них ставится, но «при отсутствии интонационного отделения» зависимой части — не ставится (п. 6 раздела 21 справочника Д. Э. Розенталя).

Название компании Microsoft в современных текстах обычно пишут латиницей, кавычки при этом не ставятся; при написании кириллицей верный вариант: компания «Майкрософт».

Абзацы – элементы перечня в Вашем вопросе лучше обозначать не цифрой с точкой, а цифрой с закрывающей скобкой, т. к. элементы перечня невелики по объему. В остальном все корректно.

Частеречная принадлежность указана в правиле: это частицы. Следует отметить, что правила пунктуации в общем случае говорят о знаках между предикативными частями предложений, членами предложения и некоторыми словами, не являющимися членами предложений (такими как вводные слова, междометия, обращения, вставные конструкции и др.). Собственно "части речи" знаками препинания не выделяются.

В церковно-религиозных и религиозно-философских текстах в названиях православных церквей все слова названия, кроме предлогов, действительно пишутся с прописной буквы. Однако в обычных текстах написание подчиняется общим орфографическим правилам: в названиях конфессий с прописной буквы пишется первое слово. Верно: Русская православная церковь, Армянская апостольская церковь, Римско-католическая церковь и пр.

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

В этом сложном предложении нужно выделить запятой вводное сочетание по мнению американских специалистов. Если оно относится к обеим частям предложения, на границе частей перед союзом и запятую следует убрать: По мнению американских специалистов, состав этого рода нуждается в ревизии и многим отнесенным ранее к нему видам потребуются новые родовые названия.

Если бы в предложении отсутствовало слово тогда, наречие осенью можно было бы считать общим второстепенным членом: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву и жизнь в усадебном доме замерла. Но наличие слова тогда этому препятствует. Запятую нужно поставить: Осенью семейство Павловых вернулось в Москву, и тогда жизнь в усадебном доме замерла.

Запятая не нужна. Если два однородных члена предложения с союзом и образуют тесно связанную по смыслу пару, соединенную союзом и с третьим однородным членом, запятая не ставится: Врач выписал и оставил листок нетрудоспособности и порекомендовал записаться на прием в поликлинику (парная группа выписал и оставил с общим второстепенным членом листок нетрудоспособности).

Однотипность строения частей этого сложного предложения не оставляет сомнений в том, что в каждой из них своё обстоятельство места: в первой — за поворотом реки, во второй — за рекой. Части не объединены каким-либо общим элементом, поэтому запятая нужна: Пароход громко свистит за поворотом реки, да петухи орут за рекой. 

Оба варианта возможны. В общем виде правило формулируется так: определения, выраженные местоимениями, стоят впереди определений, выраженных другими частями речи. Такой порядок слов является нейтральным. Однако случаи, когда прилагательное предшествует местоимению, очень распространены во всех стилях речи. Такой словопорядок может объясняться разными обстоятельствами, в частности необходимостью дополнительно выделить признак, обозначаемый прилагательным.