1. В профессиональной речи употребление слова глина во множественном числе возможно, если речь идет о разных видах глины. В тексте, адресованном широкому читателю, предпочтительна форма единственного числа.

2. Правильно с запятой. 

3. Заявка подается в письменной и электронной форме. 

В предложениях, где подлежащее выражено сочетанием со словом несколько, сказуемое ставится в форме множественного числа, если обозначает активное и раздельное действие, в единственном — если пассивное состояние или совместное действие. В данном случае требуется форма единственного числа: возникло несколько вопросов.

Корректное употребление числительного зависит от количества элементов в организме: если речь идет об одной тысяче, правильно использовать форму единственного числа, если имеется в виду несколько тысяч элементов, уместнее форма множественного числа (ср. нужна тысяча деталей или нужны тысячи деталей).

Слова категории состояния не имеют форм времени и личных окончаний. Они могут лишь сочетаться со связкой, выражающей значение времени.

Спится — форма настоящего времени (ср. не спалось). Это безличный глагол.

Вероятно, на согласовании по форме мн. ч. сказываются два фактора: 1) в английском языке Beatles - множественное число; 2) в русском языке существует множество названий групп, в которых используется форма мн. ч., например "Песняры" (ср. русифицированное "Битлы" - в разговорной речи).

Возможны варианты, например: У нас, в городе Чебоксары, ведутся съемки фильма; У нас, в Чебоксарах, ведутся съемки фильма.

Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Ср.: в городе Мытищи.

Правильно: в городе Шахты, в городе Зверево. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Топонимы славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом.

Образование формы родительного падежа мн. числа существительного мечта затруднительно; в индивидуальном употреблении отмечен вариант мечт («Он корни помыслов, он зрит полет всех мечт И поглумляется безумству человеков...» Державин, Евгению). Посколку форма мечт малоупотребительна, вместо нее используют р. п. слова мечтание – мечтаний.

Правильно: настоянное на травах снадобье. Нет слова настоенный, есть слово настоянный (от настоять). Слова в словарях следует искать по начальной форме (для прилагательных и причастий это форма мужского рода ед. числа именительного падежа):

Орфографический словарь

У А. П. Чехова здесь употребляется множественное число: Если светит солнце и на небе нет облаков, то пение и запах сена чувствуются сильнее... Но и форма единственного числа не будет ошибкой. При однородных подлежащих сказуемое может стоять в форме единственного числа.