1. В словарях Ушакова и Даля дана устаревшая норма. В современном русском языке корректно раздельное написание.

2. Мы Вас поняли.

Нормативное написание: йод. Сочетание [jo] на письме передается при помощи буквы Ё (для исконно русских слов) или сочетания ЙО  (для заимствованных слов). Использование букв ЙО указывает на устоявшееся произношение слова йод с [jo].

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Вопрос лучше адресовать юристу. Эту фразу можно понять как "смерть, наступившая в результате заражения ВИЧ-инфекцией".

Вот выдержки из справочника Д. Э. Розенталя.

Если указание на автора или на источник цитаты следует непосредственно за ней, то оно заключается в скобки, причем точка после цитаты опускается и ставится после закрывающей скобки... Заглавие произведения отделяется от фамилии автора точкой и не заключается в кавычки; точкой же отделяются выходные данные... Первое слово указания на источник цитаты пишется в этом случае со строчной буквы, если не является собственным именем... Если указание на автора или на источник цитаты стоит не непосредственно за ней, а помещается ниже, то после цитаты ставится точка.

Указаний на необходимость курсива в этих случаях мы не нашли.

Таким образом, корректно: Они прошли весь белый свет и видели такое, что тебе и не увидеть никогда (В. П. Аксёнов). Правда, порой белыми воронами возникали в нём гостиничные постояльцы (К. Булычёв). У Пульхерии Ивановны была серенькая кошечка (по Н. В. Гоголю).

У Пульхерии Ивановны была серенькая кошечка.

По Н. В. Гоголю

Запятые нужны (нет оснований их не ставить): Не знаю почему, и он не знает, что делать. Не знаю почему, и я не знаю, что делать.

Во втором предложении следует использовать союз также. Проверить легко: его можно заменить союзом тоже («На работника Иванова тоже возложены функции...»)

Если важно подчеркнуть, что теперь Иванов и Петров выполняют одинаковые задачи по проверке аппаратуры и они оба операторы ЭВМ, предложения лучше перестроить.

Слово минет входит в состав русского литературного языка, оно получило словарную фиксацию и в толковых словарях, и в словарях иностранных слов. В отличие от него, существительное ланет менее употребительно и в доступных нам словарных источниках не отмечено. Однако некоторые словари (например, «Толковый словарь иноязычных слов» Л. П. Крысина) фиксируют его более употребительный синоним – куннилингус.

1. В названии исторической эпохи или исторического события правильно писать прописную букву: Крестовые походы, Первый крестовый поход и т. д. 2. Кавычки не ставятся. 3. Правильно со строчной буквы.