Запятая нужна, она закрывает присоединительный оборот: ...взаимодействия многих, в том числе и перечисленных выше, признаков.

В первом предложении запятая перед как только нужна, во втором - нет.

В практике русского письма принято писать со строчной буквы титулы типа ваше величество и местоимение вы, обращенное к одному лицу, в прямой речи персонажей: Простите, ваше величество! Этот слуга всё исправит для вас. То же касается бытовых контекстов типа Сегодня ночью его величество Цзы Ван не спал. В таких случаях речь не идет о титуловании в официальных ситуациях.

Лучше так: В целях подготовки необходимых документов Ваше заявление в установленном порядке направлено в соответствующее подразделение.

Знаки препинания расставлены верно. Другое дело, что лучше было бы взять обособленное приложение в парное тире, чтобы отграничить обособление приложения и выделение запятыми вводного предложения как ее называли в доме.

Перед нами простое предложение, осложненное обособленным приложением и вводной конструкцией.

Что же касается придаточных частей, то многие из них могут оказаться внутри чего угодно. Например: Дедушка, заслуженный строитель, приехавший в наш город, когда он еще только строился, и многое сделавший для его становления, хотя кое-кто и пытался ему помешать, обычно очень внимательно слушал сообщения о новых стройках.

Правильно: я вижу коров. Одушевленные существительные первого склонения в винительном падеже мн. ч. совпадают по форме с родительным падежом. 

Прошу прощения и извините - синонимичные формулы вежливости.

Верно: в романе, получившем и добравшемся.

В указанном случае запятая не ставится.

В данном случае плохо – краткое прилагательное. В этом предложении плохо является именной частью сказуемого (это – подлежащее, плохо – сказуемое). Наречие не может выступать в этой роли (чаще всего наречие является обстоятельством, например: Он плохо рисовал).

Литературная норма: бАмперы, вариант бамперА профессиональный (встречается в речи механиков).