Орфографической ошибкой следует считать любое написание, не соответствующее кодифицированной (то есть закрепленной в словарях соответствующей эпохи) норме. Например, не являлось орфографической ошибкой для начала ХХ столетия написание чорный, а для конца ХХ столетия — написание плейер. Относительно имен собственных вопрос еще сложнее. Если бы Вы пояснили, для решения какой задачи Вам необходима квалификация написания Пелогея, мы могли бы дать более определенный ответ.

Как правило, употребляется с местоимением.

Верно: в игре «Дота 2», в игре Dota 2.

Правильно: в Брно, до Брно. Склонять это название нельзя. Несмотря на то что в чешском языке Брно склоняется, в русском оно выступает как несклоняемое существительное. (Однако названия чешских городков, содержащие слова u Brna, мы передаем так, как они звучат по-чешски: Славков-у-Брна, Вранов-у-Брна).

Древнерусские слова подьяконъ, подьякъ, подьячии восходят к греч. ὑποδιάκονος (ср. иподьякон), где содержится приставка ὑπο- ‘под’, и образованы путем отсечения начального и. Названные слова встречались в прошлом и в народно-этимологическом написании типа поддьяк, поддьякон.

Слово номинант появилось в русском языке сравнительно недавно — в начале 90-х годов ХХ века. Рассказывая об участниках различных конкурсов, о претендентах на звание, титул или какую-либо награду, СМИ сразу же дали повод для обсуждения интересной грамматической коллизии: одного и того же участника могли именовать номинантом на премию и номинантом премии. Словари неологизмов зафиксировали эту вариантность (см., в частности: «Новые слова и значения: словарь-справочник по материалам прессы и литературы 90-х годов ХХ века»; СПб.; 2014). Спустя три десятилетия не можем не заметить: два варианта словосочетаний встречаются в текстах, посвященных, как правило, премиям. В других случаях, когда речь идет о званиях или титулах, номинанты имеют предлог на. Безусловно, здесь необходимы уточнения, на что, кстати, есть надежда, потому что слово номинант активно употребляется в современной речи. В заключение констатируем: в жизни неологизма могут происходить не всегда предсказуемые события, отнюдь не всегда лексические и грамматические особенности новых слов могут расцениваться по критерию «верно — неверно», напротив, они привлекают внимание и даже могут представлять собой исследовательский материал.

Скорее всего, там говорилось о просторечном употреблении. Можете точно процитировать учебник и дать ссылку?

Язык меняется, и орфография тоже меняется. Действующие «Правила русской орфографии и пунктуации» были утверждены в 1956 году. Когда писали наши классики (Гоголь, Островский и другие), не существовало единого общеобязательного свода правил русского правописания. Поэтому для ответа на вопрос, как сейчас правильно писать то или иное слово, нужно обращаться не к русской классической литературе, а к современному орфографическому словарю.

Номинации крупные города и города-миллионники стали использоваться в научной и профессиональной речи еще в 80-е годы ХХ века. Интенсивная урбанизация и ее изучение сопровождались появлением вербальных новшеств, среди которых оказались слова миллионер и миллионник. В настоящее время именно обозначения город-миллионник или миллионник употребляются в текстах экономической и социальной тематики.