При множественном числе соотносительного местоимения главного предложения (те, все) сказуемое в придаточном предложении при подлежащем кто может иметь форму как единственного, так и множественного числа. Правильно и те, кто сделал, и те, кто сделали.
Да, верно, здесь причастие отмеченных не имеет определяемого существительного и принимает на себя функции этого существительного. Запятая перед причастным оборотом в этом случае не ставится.
Так можно писать и говорить. Сочетание чистая душа зафиксировано в словарях русского языка, оборот с чистой душой употребляли М. А. Булгаков, Ф. В. Гладков, Л. М. Леонов, В. Г. Распутин, Б. Л. Васильев и другие писатели. Например: Тяжелая, недобрая ночь ― в такую ночь маются и с чистой душой, а у нее, у Настены, истерзанная, беспутная душа надорвалась и только ноет, ноет, жалуясь и плача без капли надежды. В. Распутин, Живи и помни. Они за работу-то с молитвой принимались, с чистой душой. Ф. Гладков, Повесть о детстве.
Да, дефис нужен.
Правильно: баннеры. Если в словарной статье нет особых указаний на форму множественного числа (помета мн.), то для образования формы именительного падежа множественного числа используется окончание -и или -ы. Если же требуется иное окончание (или допустимы варианты), то ставится помета: мн. -а. Например: директор, -а, мн. -а, -ов.
Можно написать: Принимаем в ремонт только чистые вещи.
Запятая не нужна. Объяснение Вы найдете в «Справочнике по пунктуации».
Теоретически такие формы образовать можно (вакуумы, вакуумов...), но трудно представить себе контекст, в котором они бы понадобились. На практике слово вакуум во множественном числе не употребляется.
