Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.
В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте.
В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.
1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.: В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.
2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.
Да.
Правило таково: пишутся через дефис сочетания с частицами -де, -ка, -те, -то, -с, примыкающими к предшествующим словами: ничего-де не понимает, ответь-ка на вопрос, я-то тебя понял.
Тире не требуется: ...твой телефон уже не твой телефон.
Верно: Сколько бы я... ни бывал (имеется в виду, что бывал много раз).
Правильно: где бы ты ни работал, чем бы ты ни занимался...
Верно раздельное написание. См. «Письмовник», параграф 89, пункт 5.
Корректно раздельное написание: Этих денег вам будет не хватать всю жизнь.
Частица ну запятой не отделяется. Обособляется междометие ну, выражающее призыв или побуждение к действию: Ну, рассказывай! Вставай, ну! Ну, за встречу!
Частица ну в отличие от междометия не имеет ударения и не отделяется интонационно от последующих слов: Ну что за жизнь настала! Ну и что, что не сделал? Ну как тебе не стыдно?