Верно: сделки необоснованны. При наличии дополнения верно: сделки не обоснованы (чем-либо).

Правилен первый вариант. Название города Хива освоено и поэтому в сочетании со словом город склоняется. Ср.: Так наконец мы проникли настолько внутрь города Хивы, что оказались в самой Хиве, той, что является ее красой и славой, той, что является Хивой для всех нехивинцев… (А. Битов. Обоснованная ревность); Устроив Ханом в комнате, Чагатаев ушел наружу и до вечера ходил по городу Хиве... (А. Платонов. Джан).

Андрей, нападки на справочники в данном случае неуместны. Дело в том, что справочники по правописанию вообще не рассматривают интересующий Вас вопрос. И правильно, поскольку, действительно, пунктуационных и грамматических оснований для знака в данной фразе нет. А справочники по делопроизводству обслуживают свой функциональный стиль речи, в котором и синтаксические, и грамматические нормы несколько отличаются от "среднелитературных".  Есть сложившаяся традиция, наличие которой мы и констатируем в наших ответах. Против очевидного нам очень трудно идти.

Запятая не требуется: Для этого необходимо перейти на другие, более высокоэнергетичные фотоны, которые через данный слой плазмы могут пробиться. Сочетание более высокоэнергетичные — это пояснительное согласованное определение, оно не выделяется, а только отделяется от поясняемого определения запятой.

Граница между предложением и абзацем, а также между абзацем и пунктом (подпунктом) определяется их функциональным назначением в тексте. Предложение — минимальная единица грамматического и смыслового значения, тогда как абзац — структурная часть текста, объединяющая несколько предложений в смысловое единство. (Иначе говоря, предложения внутри абзаца должны быть достаточно тесно связаны между собою логически и грамматически. Новый абзац знаменует собою переход к новой части текста.) Пункт или подпункт может объединять несколько абзацев или предложений, выделяя логически завершённые части документа.

Археологический заповедник, названный по географическому объекту, должен сохранить написание исходного названия. Если слово могила (как местный термин) входит в название географического объекта, то оно записывается с прописной буквы (подробнее об этом см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях, § 1). Таким образом, написание названия заповедника с двумя прописными буквами обоснованно. 

Оба варианта возможны. Выбор каждого из них может иметь несколько обоснований: смысловых, грамматических, стилистических. Например, ждали некое абстрактное чудо, но его не произошло: чуда не случилось. В другой ситуации не дождались конкретного позитивного результата: чудо не случилось. Гипотетическое рассуждение в рамках «если» допускает, как представляется, абстрактное и конкретное понимание чуда.

Зависимое слово одинаково не является основанием для раздельного написания (так как, по сути, подчеркивает утверждение): иски одинаково необоснованны, приходят одинаково неготовыми.