Как это делать технически правильно, к сожалению, не можем сказать. Обратите внимание на то, как значимые части слова отображаются в электронной публикации учебника Е. И. Литневской на нашем портале: http://www.gramota.ru/book/litnevskaya.php?part2.htm#1

Придаточные предложения с союзными словами кто, как, где и подобными выделяются запятыми: Коротко и ясно опишите, кто вы, каков ваш опыт в преподавании и как вы планируете заниматься обучением дистанционно. Опишите, как вы собираетесь организовать свой учебный класс и управлять им.

Если придаточное предложение выражено одним союзным словом, запятая не ставится: Вы организуете учебный класс. Опишите как.

Да, именно такое ударение – верное.

Пунктуация верна. Слово управление требует родительного падежа в значении 'административный орган какого-либо учреждения, предприятия и т. п.'; если же значение 'регулирование работы', необходим творительный падеж: управлением учебным заведением.

В «Русской грамматике» 1980 г. явление, представленное в примере, названо «совместность присубстантивных связей»; здесь же, в § 1861, приводятся словосочетания: осмотр больных врачом, путешествие туристов по Волге и т. п. Хотя очередность компонентов, зависимых от существительного, не прописана явно, примеры показывают, что в таких сочетаниях ближе к главному компоненту находятся слова, связанные с ним более сильной связью. В приведенном словосочетании, взятом без учета контекста, более сильной связью с главным существительным пособия связано слово, выражающее принадлежность, более слабой — адресата: учебные пособия Л. В. Игнатьевой для дошкольников. Вместе с тем в условиях контекста сочетание учебные пособия для дошкольников может мыслиться как терминологическое или близкое к терминологическому, и тогда слово, обозначающее принадлежность, будет относиться ко всему этому сочетанию, а не только к существительному пособия: учебные пособия для дошкольников Л. В. Игнатьевой. В этом случае действительно возникает смысловая неоднозначность, о которой Вы пишете, однако в контексте она обычно устраняется.

Согласно наиболее распространенной сегодня структурно-семантической классификации сложноподчиненных предложений, это сложноподчиненное предложение с придаточным присоединительным. В учебнике Е. И. Литневской на нашем портале отмечается, что это тип СПП, «не нашедший отражения ни в одном из учебных комплексов». Особенность придаточных присоединительных «заключается в том, что они не эквивалентны ни одному из членов предложения, к ним не может быть поставлен вопрос от главной части, что является причиной их выделения в отдельную группу».

Дело в том, что написание этих слов разнится не только в разных словарях, но и в разных изданиях одних и тех же словарей. Это сопряжено с объективными трудностями. В случае возникновения разночтений следует сверяться с последним по времени издания и наиболее полным орфографическим словарем.

На выбор варианта управления влияет значение слова.

РУКОВОДСТВО, -а; ср.
1.
к Руководить (1 зн.). Взять на себя р. поисковыми работами. Доверить кому-л. р. институтом.
2.
То, чем руководствуются или следует руководствоваться. План - р. к действию. Ваши советы служат руководством на будущее.
3.
Учебник, пособие для изучения чего-л. Р. по машинному вязанию. Р. по электронике. Учебное, техническое р.
4. собир.
Руководители. Руководство Союза писателей. Художественное р. театра. Новое р. института. Отвечать перед руководством за что-л. < Под руководством кого-чего, в зн. предлога.
Под началом кого-л. Диссертация выполнена под руководством профессора Колесова. Программа осуществляется под руководством министерства.