1. Склонение/несклонение аббревиатур связано всего лишь с традицией их употребления. Слово СПИД появилось в нашей речи еще в 1980-е годы и практически сразу стало восприниматься как полноценное существительное мужского рода, то есть приобрело способность склоняться и оформляться строчными буквами, например: Такая же участь ожидает нашу страну и наш народ, который теперь по государственному указу получает прививку духовного СПИДа, который грозит нам окончательной духовной гибелью [Г. В. Свиридов. Музыка как судьба (1987)]; Название этой страшной болезни тогда еще он не знал, но речь шла о спиде [Василий Катанян. Лоскутное одеяло (1980–1989)]. Аббревиатура ВИЧ, как показывает статистика, распространена существенно меньше.

2. В контексте в начале было слово присутствует не наречие, а существительное с предлогом, так как речь идет о начале начал.

3. Ударение в фамилиях на -их, -ых падает на окончание лишь в том случае, если это двусложные фамилии: Больши́х, Долги́х и т. п. В фамилиях с тремя и более слогами ударение такое же, как в исходных прилагательных: Полевы́х, но Пова́ренных. Сдвиг ударения в фамилиях первого типа отчасти можно объяснить тенденцией к ритмическому равновесию.

Такого союза то что нет в литературном русском языке, в том числе в разговорной речи (разговорная речь – это тоже часть литературного языка). Подобное употребление слов то что ошибочно. Если всё же нужно передать это неправильное произнесение на письме (например, в исследовании, посвященном неправильному употреблению), можно записать: Стало грустно от мысли, то что она не придет.

Запятая перед тире не нужна. После закрывающих кавычек ставится только тире (независимо от того, каким знаком препинания заканчивается прямая речь) в тех случаях, когда в последующих авторских словах содержится характеристика прямой речи, ее оценка и т. д. (авторская ремарка начинается словами так говорит, так указывает, вот что сказал, вот как описывает и т. п.).

Цитата - это дословная передача чьей-то речи. Если вы хотите подчеркнуть, что слова передаются дословно, без каких-либо искажений, можно использовать кавычки. Но тогда нужно поправить: заверил представитель пресс-службы. 

Нормативно склонение таких аббревиатур, которые давно существуют в языке и воспринимаются уже не как аббревиатуры, а как обычные имена существительные второго (по школьной грамматике) склонения: вуз, ссуз, загс (они и пишутся строчными буквами). Остальные же аббревиатуры на согласный склоняются в разговорной речи (работаю в МИДе), но на письме их склонять не следует (даже если речь идет о множественном числе).

В практике русского письма принято писать со строчной буквы титулы типа ваше величество и местоимение вы, обращенное к одному лицу, в прямой речи персонажей: Простите, ваше величество! Этот слуга всё исправит для вас. То же касается бытовых контекстов типа Сегодня ночью его величество Цзы Ван не спал. В таких случаях речь не идет о титуловании в официальных ситуациях.

Уточним: слышать запах – выражение не просторечное, а разговорное (именно так мы всегда отвечали). Но разговорная речь – это тоже разновидность литературного языка (противопоставленная в его пределах кодифицированному книжному языку), поэтому разговорные выражения тоже соответствуют литературной норме. Разница в том, что слышать запах уместно именно в разговорной речи, а чувствовать запах – выражение стилистически нейтральное, уместное во всех стилях – и разговорном, и книжно-письменном.

Если в предложениях 1, 2 и 3 приведены мысли одного и того же лица, то следует устранить непоследовательность в пунктуационном оформлении: либо весь фрагмент (полностью, не по одному предложению) заключить в кавычки, либо оформить без кавычек, как несобственно-прямую речь.

Обратите внимание, что после прямой речи перед словами автора перед тире ставится запятая: «Это синдром Фримена ― Шелдона», ― наконец пишет кто-то в комментариях.

Орфографически верно: фавиконка (как спортинвентарь).