Обстоятельственные обороты «при наличии (чего-либо)» могут обособляться с целью интонационно-логического выделения. Решение принимает только автор текста. Отсутствие обособления ошибкой, конечно же, не будет.

Не пишется раздельно при противопоставлении, которое выражено союзом а (напр.: овраг не длинный, а короткий): здесь один признак отрицается, а второй утверждается. При союзе но нет противоположных друг другу понятий, они вполне совместимы, т. е. предмету одновременно приписываются два признака без отрицания одного из них: овраг и недлинный (=короткий), и в то же время глубокий. Это дает возможность сохранить слитное написание.

В явлении, которое Вы описываете, проявляется важный закон языка – закон экономии. В соответствии с литературной нормой нужно говорить: распечатать файл в формате pdf, перевести документ в формат pdf и т. п. Но эти выражения слишком длинны, и вот язык рождает новые, необходимые для быстрой коммуникации слова. Эти слова относятся к профессиональному жаргону и произносятся с гласными – по законам русской фонетики: [спэдээф'], [п'эр'эпэдээф'ит'].

В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л, К. Чельцовой дана такая рекомендация: названия участков течения рек и плесов пишутся со строчной, если они не входят в состав сложных собственных названий. Например: верхняя Припять, нижняя Березина, средний плес Волги. Но: Верхняя Тура (название города), Нижняя Тунгуска (название реки). Поэтому правильно: верхний Амур, средний Амур, нижний Амур.

Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.

Правильно строчными: индонезийская виза. Прилагательные, образованные от географических названий, пишутся с большой буквы, если они являются частью составных наименований – географических и административно-территориальных, индивидуальных имен людей, названий исторических эпох и событий, учреждений, архитектурных и др. памятников, военных округов и фронтов. В остальных случаях они пишутся с маленькой буквы.

Запятая нужна.

Запятая нужна.

Слова скоропостижный, скоропостижно обычно употребляют, когда речь идет о смерти: скоропостижная смерть, скоропостижно скончался. Сочетания с другими словами (например, скоропостижно жениться, скоропостижно вылечиться) возможны, но они будут иметь шутливый оттенок.

Человека, имеющего специальность (например, тренера) и впоследствии подтвердившего или повысившего свою квалификацию и получившего соответствующий сертификат, можно назвать сертифицированным специалистом.