В предложении не приводятся в точности сказанные кем-либо слова, а потому нет необходимости оформлять вопрос как прямую речь. Корректно оформить предложение так: Многие задаются вопросом: что лучше — истина или сострадание?

Да, частотнее в таких конструкциях именительный падеж: 4 уникальные резиденции. Но это именно рекомендация, не строгое предписание.

Запятая перед союзом если нужна: в этом предложении он не имеет второй части то.

Запятая после второго обстоятельства не нужна: Нужно уметь производить манипуляции как одновременно на всех уровнях, так и в отдельности на каждом из них и моментально переключаться с уровня на уровень.

Обстоятельство в списке «Основная информация» действительно уместно выделить запятыми как уточнение, чтобы прояснить смысловые связи в предложении. При отсутствии обособления получается, что главный экран приложения или само приложение находится в списке.

Запятая нужна: союзное слово что присоединяет придаточное изъяснительное предложение. Обратите внимание, что слово природа заключать в кавычки не требуется: Рассматривая тему «Философия природы в эпоху экологических вызовов современности», нужно определить, что такое природа.

По правилам наречие «препятствует» постановке тире. В справочнике под ред. В. В. Лопатина указывается, что не ставится тире, если между подлежащим и сказуемым-существительным стоит обстоятельство. Наречия в предложении часто являются именно обстоятельствами.

Чтобы ответить на Ваш второй вопрос нужно проводить исследование — нужно понять, какие именно обстоятельства и дополнения встречаются в предложениях данной структуры, в каких случаях тире оправданно, в каких нет. Это требует времени. Пока мы можем ориентироваться только на примеры из справочников: Мой отец для меня друг и наставник; Степан нам сосед.

Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.