Вы правы, нужен творительный падеж: управляющий паевым инвестиционным фондом.

См. раздел Научный стиль в «Письмовнике».

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Если выделенные слова - вводные (со значением "иначе говоря"), то запятая нужна.

Запятые в этих фразах не ставятся.

Об приведенных примера — сложноподчиненные предложения. И запятые, которые Вы указали, обозначают конец придаточного предложения. Эти запятые нужны.

Предложение Решение о назначении публичных слушаний должно приниматься не позднее чем за 30 дней до даты рассмотрения вопроса на публичных слушаниях построена корректно. Ее значение: от момента назначения публичных слушаний до их проведения должно пройти не менее 30 дней. Больше можно, меньше нельзя. Слова не позднее чем можно заменить на «самое позднее». Если бы нужно было выразить значение «должно пройти не более 30 дней», следовало бы написать решение... должно приниматься не ранее чем за 30 дней...