В приведенных Вами примерах большая буква — также сигнал необычного значения. Для этой цели могут использоваться кавычки, однако при частом употреблении таких названий дополнительный двойной знак загромоздил бы текст. Выбрали более экономный способ, может быть зная о том, что в прошлом названия национальностей писали с большой буквы.

В русском языке сложилась традиция заключать в подобных случаях географическое название в скобки или использовать прилагательное, ср.: «Локомотив» (Москва) или московский «Локомотив». Корректно: игрок «Боруссии» (Дортмунд) или игрок дортмундской «Боруссии». Что касается кавычек: они уместны в тексте, но не в таблицах, схемах и т. п. (где перечисляется много команд и где кавычки будут мешать восприятию). В турнирной таблице можно использовать обозначение Боруссия Д

Да, в каждом из приведенных примеров допущена ошибка: для постановки запятой нет оснований.

3D – это сокращение от three-dimensional (трехмерный). Кириллицей его обычно не пишут. В указанных случаях сокращение выступает в роли первой части сложного слова и пишется через дефис: 3D-книга, 3D-формат, 3D-эффект.

Знаки препинания расставлены верно.

Правильно: При передаче Имущества Продавец и Покупатель подписывают Товарную накладную и вместе с Лизингополучателем – Акт приемки-передачи, подтверждающие надлежащее исполнение Продавцом обязательств по поставке. Обратите внимание: слова имущество, товарный, акт согласно правилам должны быть написаны со строчной буквы.

Следует перефразировать. Соответствие изделия требованиям не проверяют при испытаниях Х, подтверждают испытаниями Y. Такое соответствие гарантируется заводом-изготовителем. Соответствие изделия требованиям не проверяется при испытаниях Х, подтверждается испытаниями Y и гарантируется заводом-изготовителем.

Нет оснований обособлять этот оборот. Дополнительные запятые не требуются.