Расхождения в орфографических рекомендациях академических словарей чаще встречаются для новых слов, которые проходят этап освоения в языке. Слово могло оказаться зафиксированным толковым словарем раньше, чем орфографическим. Составители толкового словаря при отсутствии орфографической рекомендации фиксируют одно написание, а через какое-то время орфографисты, опираясь на сложный комплекс факторов, в ряду которых может оказаться и изменение практики письма, устанавливают другое написание. Конечно, могут быть и иные причины, например разные научные основания для орфографической кодификации. Более того, в разных изданиях академического орфографического словаря тоже встречаются разные рекомендации. Они отражают изменения нормы в живом языке. 

Знание о подобных расхождениях свидетельствует о профессионализме редакторов, корректоров, учителей, составителей вопросов для ЕГЭ по русскому языку.

В разных изданиях справочника Д. Э. Розенталя предложены разные объяснения. Так, в [Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. – 7-е изд. М., 2010] указано, что в слове трещотка есть суффикс -отк-. Этот суффикс упоминается и в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006). Так что большинство изданий – за выделение этого суффикса.

Детям, наверное, можно (и даже полезно) объяснить, что есть такая наука о языке – лингвистика, что в ней, как и в любой другой науке, существуют до конца не решенные вопросы, присутствуют разные точки зрения (в том числе на принципы морфемного анализа слова), ведутся острые дискуссии по некоторым вопросам.

Как такового правила нет. В "Справочнике издателя и автора" А. Э. Мильчина приводится (как правильный) пример использования недублированного символа параграфа с рядом чисел (рядом с недублированным символом номера). Но на практике используется и дублированный знак.

Пробелы нужны. Сокращение возможно. "Век" пишется один раз.

Мы не рекомендуем использовать слово функционал в значении "совокупность функций", поскольку в словарях такое значение не зафиксировано.

У двух уступительных придаточных есть общая главная часть (Сохраняются разные ареалы обитания), поэтому запятая после разделяет не требуется.

Словари русского языка указывают, что в значении 'кратко сформулированные основные положения доклада, лекции, сообщения и т. п.' обычно употребляется форма множественного числа: тезисы доклада. Можно «вывернуться» следующим образом: По теме диссертации опубликовано 46 работ, из них статей – 25, тезисов докладов – 21.

Пунктуационных ошибок нет.

Да, написание слов с первой частью геолого... было предметом дискуссий в научной среде. Сейчас принято дефисное написание: геолого-разведочный, геолого-съемочный.