Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

Перед нами - краткое прилагательное, о чем свидетельствует написание с удвоенной Н в суффиксе слова. Поэтому слитное написание здесь также уместно.

Корректно: пока не завершенные работы. Наречие времени пока как раз и указывает на то, что в данном контексте перед нами причастие. 

Мы отвечали на вопрос об этом предложении. См. 323106.

Если есть общие слова, запятая между частями сложносочиненного предложения не ставится. Но здесь перед нами простое предложение с однородными сказуемыми. Запятая не нужна.

В обоих случаях запятая не нужна: перед нами простое предложение с однородными сказуемыми. Просто в первом предложении подлежащее есть, а во втором оно опущено.

В данном предложении запятая перед союзом и ставится, поскольку он соединяет две грамматические основы: это мама и она варит. Перед нами сложное (сложносочиненное) предложение.

Обращение не является членом предложения. Следовательно, когда мы видим изолированное обращение, перед нами нет предложения. В том числе и «предложения с обращением».