Запятая перед союзом и нужна, поскольку он здесь повторяющийся (см. параграф 35.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Вы изучили, зачем Господь дал вам нос, зачем дал два глаза, и почему у одних глаза чёрные, а у других — голубые или зелёные, и для чего над ними брови?

Запятая нужна, чтобы закрыть придаточную часть.

Хотя бы один язык программирования должны знать оба студента: на это указывает форма множественного числа сказуемого. При этом из предложения не следует, что они должны знать один и тот же язык программирования.

Объединение в однородном ряду логически несовместимых понятий чаще всего называют си́ллепсисом (си́ллепсом). Такое синтаксическое построение может быть как ошибкой, так и намеренным стилистическим приемом, преследующим те или иные (часто комические) цели. См., например: Культура русской речи: энциклопедический словарь-справочник / Под ред. Л. Ю. Иванова, А. П. Сковородникова, Е. Н. Ширяева и др. М., 2003. С. 614–615.

Это слова из поэмы Н. В. Гоголя «Мертвые души»:

«Какой веселенький ситец!» воскликнула во всех отношениях приятная дама, глядя на платье просто приятной дамы.

«Да, очень веселенький. Прасковья Федоровна, однако же, находит, что лучше, если бы клеточки были помельче и чтобы не коричневые были крапинки, а голубые. Сестре ее прислали материйку: это такое очарованье, которого, просто, нельзя выразить словами; вообразите себе: полосочки узенькие, узенькие, какие только может представить воображение человеческое, фон голубой и через полоску всё глазки и лапки, глазки и лапки, глазки и лапки... Словом, бесподобно! Можно сказать решительно, что ничего еще не было подобного на свете».

«Милая, это пестро».

«Ах, нет, не пестро!»

«Ах, пестро!»

Как устойчивый оборот слова глазки и лапки могут употребляться для обозначения ситуации, когда кто-либо умиляется, восторгается чем-либо (что, возможно, и не заслуживает подобного восторженного отношения), когда чьи-либо слова являются пустыми, бессодержательными.

Запятая не требуется.