Слова как духовным, так и физическим нужно выделить с двух сторон (возможно выделение запятыми, тире или скобками). Остальные знаки поставлены правильно.

Верно: при первом входе в систему.

Поправили, спасибо за замечание.

Встречается с Владимиром Милюшисом – правильно. Ваша фамилия должна склоняться. По законам русской грамматики склоняются все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, независимо от их происхождения (кроме фамилий на -ых, -их типа Черных, Долгих). А вот женская фамилия Милюшис несклоняема.

Если поискать, такие слова найдутся) Например, буквосочетание гя может встретиться в именах собственных (Плунгян — фамилия ученого, академика РАН, главного научного сотрудника Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН). Буквосочетание гя встречается в формах деепричастий глаголов на -жечь (*зажгя, *разожгя), ненормативных, но используемых, например, в художественных текстах — в стилистических целях, для передачи особенностей речи персонажей и др.: И далее вижу я — боярский сын, и ремесленник, и крестьянин берут кистень и, зажгя дворы свои, уходят в леса свирепства своего ради (А. Н. Толстой, Петр Первый); Пробовали даже выкуривать обитателей норы, разожгя костер (В. Солоухин, Капля росы). Наконец, всегда есть возможность образования окказиональных слов, содержащих данное буквосочетание.

См. ответ № 217660. В приведенных примерах слова в свою очередь следует обособлять.

Нормы согласования причастных и деепричастных оборотов подробно изложены в "Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию" Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (§ 211. Причастные обороты; § 212. Деепричастные обороты). Например: "Причастию, как глагольной форме, присущи значения времени, вида, залога. Значение времени в причастии относительное: в одних случаях наблюдается соотносительность времен, выраженных причастием и глаголом-сказуемым, например: видел детей, играющих на бульваре (видел в то время, когда они играли); в других случаях время, выраженное причастием, соотносится с моментом речи, предшествует ему, например: видел детей, игравших на бульваре. Ср.: а) В одной из комнат я нашел молодого парня, разбирающего за столом бумаги (В. Солоухин); б) В эту ночь, как нарочно, загорелись пустые сараи, принадлежавшие откупщикам (Герцен).

Каковой — устаревшее местоимение, употребляемое в значениях местоименй который и какой. В интересующем Вас предложении союзное слово каковой присоединяет придаточное предложение, в котором является подлежащим. 

См. в Горячей десятке вопросов.