Обстоятельство времени после каждого дождя не является общим для двух частей сложносочиненного предложения, потому что во второй части есть свое обстоятельство времени (следствия) тогда. Следовательно, запятая перед союзом и нужна.

Поскольку обстоятельство с минуты на минуту уточняет обстоятельство когда, оно включено в придаточную часть, а значит, запятая перед тире не нужна: Не знаю, когда вернутся — наверное, с минуты на минуту.

Если обстоятельство в большинстве случаев относится только к первой части предложения, то запятую нужно поставить. Если обстоятельство является общим (то есть относится не только к первой, но и ко второй части), то запятая не нужна. 

Обстоятельство после создания альтернативной дороги нужно обособить: оно поясняет обстоятельство в 2014 году. Перед союзом и запятая будет не нужна, если ученым удалось полностью раскрыть мозаику в 2014 году (когда работы были возобновлены), и нужна, если это произошло позже (работы могли вестись не только в течение 2014 года).

Об обособлении членов предложения можно прочитать в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников», а также в «Правилах русской орфографии и пунктуации».

Пунктуация в предложении зависит от того, что именно подразумевается в контексте под местоименным наречием там. Если там означает просто «не в этом месте», выделять запятыми обстоятельство в шкафу нет необходимости. Если там означает «в том месте, о котором шла речь»,  обстоятельство в шкафу нужно обособить как уточняющее. 

Слова в принципе могут выделяться как вводные в значении 'словом, короче говоря, в сущности': он, в принципе, человек хороший... Как обстоятельство в значении 'в основном, в целом, принципиально' в принципе не обособляется. На практике различить вводное слово и обстоятельство в принципе зачастую крайне затруднительно; окончательное решение о постановке запятых в таких случаях принимает автор текста.

Это сложносочиненное предложение, его вторая часть вводится вторым союзом и, поэтому запятая перед ним обязательна. Во второй части подлежащее все, а вместе — обстоятельство образа действия при сказуемом въехали. Правда, обстоятельство смещается влево, к подлежащему (его стандартная позиция не до, а после сказуемого), и создается впечатление, будто оно подчинено именно подлежащему. Но это только впечатление.

1. После слова туапсинец перед обстоятельством в память об отце запятая не требуется. Если у автора есть намерение сделать это обстоятельство разъясняющим добавочным сообщением, акцентировов слово туапсинец, можно использовать тире: Раритет принес туапсинец — в память об отце, советском моряке. 2. С союзного слова который начинается определительная придаточная часть сложноподчиненного предложения; в данном случае эта часть относится к существительному моряк. В принципе главную и придаточную часть можно разделить точкой, то есть использовать парцелляцию как особый художественный прием, однако далеко не всегда это уместно.