Корректно: взыскателю - Министерству...
Одесский винный завод – реальное собственное имя. Такие наименования не заключаются в кавычки при самостоятельном употреблении, но пишутся в кавычках при употреблении с родовым словом: государственное предприятие «Одесский винный завод». Подробнее см. в «Письмовнике»: Как правильно употреблять кавычки (часть вторая)
Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения.
Возможные глаголы, в зависимости от нюансов процесса и ракурсов описания: называть, подбирать, находить, создавать, придумывать, изобретать.
Слова "региональное отделение" пишутся сточными. Остальное нужно уточнить в уставе организации.
Кавычки будут уместны.
Такой «перенос» не запрещен правилами, однако, на наш взгляд, если есть техническая возможность не отрывать аббревиатуру от названия, то лучше ею воспользоваться.
Автор «Мифологического словаря» – корректно.
Склоняются обе части при таком написании: в государственном учреждении – Челябинском региональном отделении Фонда социального страхования Российской Федерации.