Первый вариант предпочтителен.
Завести дело корректно, если дело употребляется в значении 'собрание документов, относящихся к какому-либо факту или лицу'. А вот в значении 'что-либо подлежащее судебному разбирательству, само судебное разбирательство, процесс' корректно: возбудить дело; глагол завести в таких случаях обычно не употребляется.
Если в заголовок архивного дела нельзя вносить редакторскую правку, то Ваш вариант пунктуационного оформления заголовка представляется оптимальным.
Запятая нужна. Ею нужно разделить главную и придаточную части сложного предложения.
В зависимости от интонации возможны два варианта: Да все что хочешь делай! и Да, все что хочешь делай!
В слове возбуждено ударение падает на последний слог.
Правильно: дело заведующей лабораторией.
Название Экажево без родового слова должно склоняться, так как оно образовано по русской модели с помощью суффикса -ов(о) и связано с именем Экаж и фамилией Экажев (ср. Иваново, Павлово). Однако топонимы на -ово в живой речи обнаруживают тенденцию к утрате склонения. Подробнее об этом можно прочитать в разделе «Азбучные истины».
Название праздника День города пишется с большой буквы, такова рекомендация словарей и справочников. По аналогии также уместно писать с большой буквы и День села (праздник).