Предписание справочника обязательно выделять запятыми такие обороты противоречит письменной практике. Действительно, обстоятельственные обороты, которые находятся между подлежащим и сказуемым, обычно обособляются, но в художественной литературе можно найти немало примеров, когда запятые отсутствуют. В правиле скорее следовало бы написать обычно обособляются; как правило, обособляются.

Тропы (эпитет, метафора, метонимия и т. п.) относятся к средствам лексической выразительности. 

В русской речи произнести звук [о] после мягкого согласного (который и обозначается на письме буквой ё) в безударной позиции весьма и весьма нелегко, поэтому мы бы рекомендовали произношение [тэ], которое указано как нормативное в том числе и в «Словаре имен собственных русского языка» Ф. Л. Агеенко (2010).

Союз потому что расчленяется, если пишущий делает логическое ударение на слове потому, а это, в свою очередь, связано с условиями контекста. Так, в ответе на вопрос № 328222 предложению с расчлененным потому, что предшествует предложение с логическим ударением на слове почему.

Если при этом Вы не вводите читателя в заблуждение, если неразграничение терминов не мешает правильному пониманию смысла статьи, то таким разграничением можно пренебречь.

Если какая-то часть составного наименования употребляется как самостоятельное слово с другим значением, это вовсе не является препятствием для ее склонения. Если мы говорим о наименованиях животных, насекомых, птиц, растений, то в этих наименованиях последовательно склоняются обе части, и бывают не только рыбы-молоты, но и рыбы-попугаи, журавли-монахи, жуки-олени и т. д.

В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» варианты перебои в чём / с чем указаны как равноправные.

Запятая факультативна. В примерах из современной литературы она чаще не ставится.

Для ответа на Ваш вопрос мы свяжемся (в ближайшее время) с профессором Владимиром Владимировичем Лопатиным.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.