Внутри причастного оборота запятые в конструкции с такой... как ставятся по общему правилу: Назначение биотина эффективно при нарушениях обмена веществ, обусловленных мутациями в генах таких ферментов, как биотинидаза, синтетаза голокарбоксилаз, пропионил-КоА карбоксилаза.

Это примеры сложных синтаксических конструкций, в которых первая часть представляет собой так называемое эллиптическое предложение — самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым, в данном случае с отсутствующей грамматической основой (дело) обстоит; сравнительный оборот (а сочетания с союзом как здесь, несомненно, имеют значение сравнения) тесно связан с грамматической основой, без него предложение не имеет законченного смысла, а потому оборот не обособляется, как в примере из пункта 4 параграфа 42.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: На здешнем базаре как на любом базаре. После первой части нужно поставить двоеточие для выражения пояснительных отношений: В жизни как в шахматах: потерял королеву — наслаждайся пешками; В жизни как в игре: иногда нужно рисковать, чтобы достичь чего-то великого. 

Сочетание как сказала моя подруга, недавно посетившая Японию, указывает на источник информации, а это одно из значений вводных конструкций. Рекомендуется отделить ее, по общему правилу оформления вводных конструкций, запятой: Или, как сказала моя подруга, недавно посетившая Японию, «по сути, это попойка японцев в парке». (Сочетание по сути тоже вводное, оно указывает на степень достоверности сообщаемого.)

В словарях зафиксирован фразеологический оборот пахать как папа Карло. Встреченное Вами выражение пахать как карла  в доступных нам источниках не указано. Теоретически возможно, что такой оборот существует и слово карла в нем не имеет отношения к папе Карло, а означает 'карлик' (карла – устар. карлик), поскольку в некоторых словарях приведен оборот вкалывать как карлик у водокачки, тоже означающий 'много работать, не давая себе отдыха'. Но все же более распространено выражение пахать как папа Карло.

Вероятно, это будет анахронизмом (хронологической неточностью).

Корректная пунктуация: Все аналитические работы персонал лаборатории обязан проводить, используя средства индивидуальной защиты: специальную одежду и обувь, а также, в зависимости от характера выполняемых работ, перчатки, защитные очки, фартук, нарукавники. Слово также следует писать слитно.

Смысл предложения в том, что подходящего специалиста сложно найти.

Предложение построено таким образом, что возможны оба толкования.

Лучше заменить утвержденных и утверждение (в конце): сейчас в предложении слишком много однокоренных слов и повторов.

В том случае, если "Правила..." - название официального документа, это название следует взять в кавычки. Слово утвержденный следует поставить в форму творительного падежа. Таким образом, грамматически верно: В соответствии с "Правилами утверждения инвестиционных программ субъектов, в уставных капиталах которых участвует государство, и сетевых организаций", утвержденными постановлением Правительства РФ, вам необходимо направить в срок до 1 августа т. г. свою программу на утверждение.