Правильно: по Москве, по г. Москве.
Правильно: (из) города Москвы, из Москвы.
Корректно: жил на другом конце города.
Этимология названия усадьбы (объединены два топонима), его грамматические особенности (топонимы различаются по роду) и традиции употребления, отраженные в печатных источниках, предопределяют склонение первой части: жить в Пехре-Яковлевском, сведения о Пехре-Яковлевском, дорога на Пехру-Яковлевское. Рекомендуем прочитать статью «Как склонять по-русски составные топонимы».
Предложения типа *Вдали дороги стоит дерево нарушают нормы современного русского языка. Подобные употребления наречия вдали, сближающие его с предлогом, встречались в XIX в. («...за что страдальцем кончил он / Свой век блестящий и мятежный / В Молдавии, в глуши степей, / Вдали Италии своей»), но они не прижились и современной нормой отвергаются. Предлога вдали в современном русском языке нет. Наречие вдали употребляется без зависимых слов, и тогда это именно наречие: Вдали показался дымок паровоза. Существительное даль может иметь зависимые слова, и тогда оно точно существительное и пишется с предлогом раздельно: В дали бескрайних волн показался парус. Всё решает наличие или отсутствие зависимых слов.
Да, употребление кавычек в этом случае оправданно, т. к. слово используется не в своем обычном значении.
Правильно - с запятой.
В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л, К. Чельцовой дана такая рекомендация: названия участков течения рек и плесов пишутся со строчной, если они не входят в состав сложных собственных названий. Например: верхняя Припять, нижняя Березина, средний плес Волги. Но: Верхняя Тура (название города), Нижняя Тунгуска (название реки). Поэтому правильно: верхний Амур, средний Амур, нижний Амур.
1. Пишутся через дефис сочетания с частицами -де, -ка, -те, -то, -с, примыкающими к предшествующим словам, напр.: Говорит, он ничего-де не знает. Ответь-ка на вопрос. Чёрт-те что! Уж она-то знает, в чём дело. Знать-то она знает. Ночь-то какая! Где-то он сейчас, как-то ему живётся? Всё да да нет; не скажет да-с / Иль нет-с (П.).
То в составе союзов будь то и как то пишется отдельно от предшествующей части.
2. Пишутся через дефис сочетания с частицей -таки, следующей за словом, к которому она относится:
а) за сказуемым (выраженным не только личной формой глагола, но и другими способами), напр.: Он приехал-таки вовремя; Вопрос решён-таки положительно; Он рад-таки её приезду;
б) за неличной формой глагола (причастием или деепричастием) не в составе сказуемого, напр.: преступник, сумевший-таки скрыться; фильм, показанный-таки по телевидению; он выступил, сказав-таки всё, что хотел;
в) за наречием: довольно-таки, наконец-таки.
Частица таки, пишется раздельно, если предшествует слову, к которому она относится (обычно сказуемому), напр.: Он таки приехал вовремя (таки относится к слову приехал).
1. Пунктуация верна.
2. Запятая не нужна (если однако в значении «но»).
