Интересное замечание, спасибо! Очевидно, вопрос требует более последовательного изложения, нежели в имеющихся справочниках по пунктуации. Пока же можно рекомендовать придерживаться разных стратегий при расстановке знаков препинания при вводных словах в  сложноподчиненных и сложносочиненных предложениях — в соответствии с формулировками двух названных справочников. 

Да, название при словах городской округ обычно не склоняется: городского округа Донецк. Несклонение можно объяснить тем, что городской округ — сочетание не из живой речи, а из документов, из канцелярско-бюрократического языка. Ср.: города Донецка — со словом город склонение совершенно нормально и естественно.

Правильно: надевать брюки. О глаголах надеть – одеть можно прочитать во многих изданиях (в словарях трудностей, в словарях паронимов, в научно-популярных книгах, написанных лингвистами). См., например: Королёва М. А. Говорим по-русски с Мариной Королёвой. М., 2003. Об этих словах написано и в «Словаре трудностей» нашего портала.

Правильно: берш (через е, не ё). См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012; Биологический энциклопедический словарь. М., 1989. (В обоих изданиях буква ё в заголовочных словах в случае ее наличия пишется.)

Правила таковы. Если при склонении слова гласный в суффиксе исчезает, следует писать е: замочек – замочка, барашек – барашка, горошек – горошка. Если же гласный не исчезает, пишется и: ключик – ключика, домик – домика, столик – столика. При изменении слова огуречик гласный не исчезает (огуречика, огуречику), поэтому пишем и.

А какие здесь могут быть основания для написания слова уважение с большой буквы? Нарицательные существительные пишутся с прописной буквы только в контекстах, где им придается особый высокий смысл, при этом речь может идти лишь о таких словах, как Человек, Родина, Отечество, Победа и им подобных.

В прошлом году интересное исследование провел «Яндекс». Согласно его результатам, чаще всего пользователи Интернета ошибались в словах «комментарий», «девчонка» и «жесткий». Те или иные ошибки при написании этих слов совершали в каждом четвертом случае. Список самых сложных слов из поисковых запросов – в difficultwords.xml" target=_blank>полной версии исследования.

В приведенных Вами фонетических словах, согласно орфоэпическим нормам русского литературного языка, должен, пусть и слабо, слышаться звук J при корректном произношении. Этот звук может полностью выпадать только перед гласным И: пят[ыи] сутки. Ослабленная артикуляция конечного J в слове может присутствовать в непринужденной разговорной речи.

Верно: луноликая. Две буквы Н пишутся в прилагательном лунный и словах, образованых от этого прилагательного: лунно-белый, лунно-суточный и т. д.  Но: лунообразный, луноподобный, луноликий (с общим значением "как у луны"); в качестве мотивирующей основы эти производные слова используют непосредственно слово луна, а не прилагательное лунный.