В справочнике указаны подобные примеры: За огородом следовали крестьянские избы, которые хотя были выстроены врассыпную и не заключены в правильные улицы, но показывали довольство обитателей.
Что касается второго вопроса, то вот Вам встречный вопрос: почему на троллейбусных и трамвайных остановках написана большая буква А? :-)
В вопросах правописания нужно придерживаться рекомендаций орфографического словаря.
Можно выделить с помощью тире или скобками.
Напомним правило:
Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.
А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)
Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.
Выбор окончания зависит от ударения. Если ударение в косвенных падежах переходит на окончание, то правильно Ткачо́м (ср. Ткачá, Ткачý, о Ткачé). Если ударение остается на основе, то верно Ткáчем (ср. Ткáча, Ткáчу, о Ткáче). О типе ударения нужно спросить у носителя фамилии.
