В лингвистике нет (и не было) единой позиции по этому вопросу. Одни языковеды считают -ть суффиксом, другие – окончанием. В школьной практике -ть сейчас чаще выделяют как суффикс, но в некоторых школьных курсах -ть по-прежнему рассматривают как окончание.

Заключать в кавычки названия школьных учебных оценок не нужно: значение 'оценка' у слов двойка, тройка, четверка, пятерка необычным не является, в словарях оно фиксируется, поэтому для постановки кавычек нет оснований.  Верно: получает тройку.

Вахтер, дирижер, режиссер, стажер...

Сочетание словарные слова широко употребляется в школьной практике, оно зафиксировано, например, в «Школьном лингвистическом словаре» А. М. Лемова и некоторых других источниках. Так что ошибочным его считать не следует. Под словарными словами понимают слова, написание которых не подчиняется какому-либо орфографическому правилу, вследствие чего такие слова нужно запоминать или справляться об их правописании в орфографическом словаре.

Если девушка уже окончила школу и словосочетание со школы Вы употребили в значении 'со школьных лет, со школьной скамьи', то Вы сказали правильно. Исправление, разумеется, было бы верным, если бы Вы спросили, например: «Ты пришла со школы?». Однако предлог с (со) нормативно употребляется при указании на время, являющееся начальным моментом в развитии, распространении какого-либо действия, состояния.

Да, это тоже примыкание.

Точный ответ на Ваш вопрос содержится в академической «Русской грамматике» (см. § 984): «Морф -жды выступает после гласных в наречиях, где основа мотивирующего слова выступает с наращением за счет финали, совпадающей с флексией им. п. числ.: дважды, трижды, четырежды».

Поскольку финаль, совпадающая с флексией (т. е. окончанием) именительного падежа, перед суффиксом — это то, что очень сложно объяснить в рамках школьной программы, любой школьный разбор этого слова по составу обречен быть неточным, и уже не так важно, как будет выделено это а — как часть корня, как отдельный суффикс или как окончание.