В предложении о разведчиках формально верен второй вариант. Но это предложение построено неудачно. Деепричастный оборот, отрывающий причастие от зависимого слова, затрудняет чтение, мешает восприятию смысла. Предложение нужно перестроить.

В предложении про грачей сочетание не спеша обособлять не нужно.

Дело во временной протяжённости даты 10 июня и в полном отсутствии ее у числа 10.  При наличии протяжённости и возникает необходимость уточнить, идет речь о начале дня 10 июня или о его конце, а в отсутствие уточнения возникает двоякое чтение.

Одушевлять "Пирожок" по аналогии с Колобком все-таки некорректно.

Омонимия – звуковое совпадение языковых единиц, различных по значению. Омонимами могут быть слова (ключ для замка и ключ – родник), но могут быть и синтаксические конструкции, например: чтение Солженицына (Солженицын читает или читают произведения Солженицына), письмо Виктории (письмо от Виктории или письмо к Виктории). Такие конструкции и называют омонимичными.

Перенести слово можно так: крос-с­овер, кросс­о-вер.

Предложенные варианты соответствуют общим правилам переноса слов: не отрывать гласную букву от предшествующей согласной, из удвоенных согласных одна остается на строке, а вторая переносится. Перенос в соответствии с исторической структурой слова кросс-овер неудачен, так как будет затруднять чтение слова. 

В составе буквенных аббревиатур чтение некоторых названий букв может не совпадать с их общепринятыми названиями. По общему правилу буквенные аббревиатуры произносятся по названиям начальных букв слова или частей сложного слова, но есть исключения типа США ([сэ-шэ-а]) или ФРГ ([фэ-эр-гэ]). Аббревиатура ЮАР произносится как обычное слово [jу-ар]. См. наш материал «Как правильно употреблять аббревиатуры?».

Запятая нужна. Она ставится между главным и придаточным предложением в составе сложноподчиненного.

Корректны оба варианта.

Смысл одинаковый.

Использовать кавычки не нужно.