Вероятно, разница в том, что слово коронавирус русский язык заимствовал, а сочетание папиллома-вирус образовалось в русском языке соединением самостоятельно существующих слов. 

Запятая не требуется. Обратите внимание, что верно: В отсутствие лаборанта...

Да, запятую над поставить.

Если между однородными подлежащими разделительный союз (в данном случае или) и эти подлежащие относятся к одному грамматическому роду (среднему), сказуемое ставится в форме единстенного числа: Отсутствие планирования или нерегулярное, фрагментарное планирование увеличивает затраты.

Запятая нужна. Сочетание аты-баты, задающее ритм считалке, близко к междометию. Оно, как и междометие, не является членом предложения, не связано с другими словами в предложении, имеет самостоятельное интонационное оформление. Отсутствие запятой, полагаем, ошибкой является, однако не такой ошибкой, за которую следует снижать оценку в школе. 

Корректно: Сделать это можно, только дав гарантии безопасности. Правило таково.

Деепричастный оборот, в начале которого стоят частицы только, лишь, интонационно не отделяется от предшествующей части предложения (при чтении пауза перед ним не делается), но запятая перед ним обычно ставится: Понять это произведение можно, только учитывая условия его создания; Выучить иностранный язык можно, лишь постоянно занимаясь им. Но (при тесном слиянии оборота со сказуемым): Они встретились только будучи уже взрослыми.

Словари на нашем портале дополняют друг друга. Словарь ударений дает рекомендации для работников СМИ, он показывает единственный вариант произношения даже в тех случаях, когда нормативны два варианта. Такая словарная концепция обусловлена тем, что в эфире не должны звучать варианты произношения. Варианты отвлекают от содержания, создают ненужные трудности для слушающих. Отсутствие вариантов в словаре для СМИ избавляет редакции радио и телевидения от необходимости в каждом случае вариативности выбирать тот вариант, который будет звучать на данной радиостанции, на данном телевизионном канале. В орфографическом словаре ударение тоже представлено, и этот словарь показывает акцентологические варианты (то есть варианты ударения), которые находятся в пределах нормы. Однако в задачи орфографического словаря не входит дифференциация произносительных норм, то есть он не показывает, как распределяются варианты на шкале нормативности. 

Предложение построено неудачно. Не рекомендуется в качестве однородных компонентов использовать член предложения и придаточное предложение (Он не знает (о чем?) о своем долге и (еще о чем?) почему хозяин посылает своего посыльного к нему). Предложение желательно перестроить, например так: Он не знает о своем долге и о том, почему хозяин посылает своего посыльного к нему. Если предложение перестроить нельзя, то отсутствие запятой можно обосновать правилом об однородных членах предложения, соединенных одиночным союзом и. 

Д. Э. Розенталь допускал отсутствие запятой между частями сложносочиненного предложения с союзом да, если их объединяет общая усилительная, ограничительная, выделительная частица.

Примеры в справочниках показывают, что в Вашем случае нужно поставить тире. Д. Э. Розенталь пишет: «И только когда он шептал: "Мама! Мама!" — ему становилось как будто легче (Ч.) — тире после восклицательного знака, которым заканчивается прямая речь». В этом предложении прямая речь находится в конце придаточной части, после нее должна ставиться запятая, но рекомендуется ставить тире, так как прямая речь завершается восклицательным знаком. Подобный пример находим и в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина: Петр Михайлыч хотел сказать: «Не впутывайся ты, пожалуйста, не в свои дела!» — но промолчал (Ч.).