Первый вариант лучше, поскольку второй может быть прочитан как "почти... в городе".
См. в «Письмовнике».
Запятая нужна.
Верно: поеду в город Москву. Но лучше в этом предложении слово город не употреблять: Поеду в Москву.
Возможны варианты, например: У нас, в городе Чебоксары, ведутся съемки фильма; У нас, в Чебоксарах, ведутся съемки фильма.
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме мн. числа. Ср.: в городе Мытищи.
Первая часть в этом названии не склоняется: в Середина-Буде. Сложносоставные названия не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Середина-Буда.
Корректное написание: Город юности.
Верно: в городе Ганновере.
Правильно: в городе Краснодаре.
Верно: в городе Узловая.