Как пишут толковые словари русского языка, слово угрожаемый является разговорным и может иметь абсолютно разные значения. Следовательно, фразу необходимо исправить.

Вы правы, возможны оба написания, но они будут иметь разный смысл.

В предложении И так всё было понятно сочетание и так — частица, ее значение хорошо описано в «Большом универсальном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина.

В предложении Итак, всё было понятно слово итак — союз, который сближается по значению с вводными словами следовательно, таким образом и отделяется запятой от последующей части предложения. В орфографических источниках слово итак часто называют вводным, см., например, параграф 91 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Действительно, в некоторых словах историческая приставка с- (со-) в современном русском языке может не выделяться, если утрачена структурно-смысловая связь с родственными словами без этой приставки. Так, А. Н. Тихонов в своем «Морфемно-орфографическом словаре» не выделяет приставку в словах созерцание, созерцать, так как в русском языке нет глагола зерцать, глагол созерцать непроизводный. Но в том же словаре выделена приставка в словах сотворение, сотворить, так как последнее образуется от глагола творить. Иной подход к морфемному членению слов, учитывающий ощущаемые носителями языка исторические смысловые связи, позволяет выделить приставку и в слове созерцать (см., например, ресурс «Портрет слова» на сайте Национального корпуса русского языка или «Орфографическое комментирование русского словаря»). На нашем портале морфемный состав многих слов показан в конце статей «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. И в заключение заметим, что приставка с- (со-) имеет разные значения, они описываются в толковых словарях. Наиболее подробное словарное описание можно прочитать в «Большом академическом словаре русского языка». 

Значение 'который' у местоимения что фиксируется словарями, например «Большим универсальным словарем русского языка» (см. значение 7.0).

Судя по данным Национального корпуса русского языка, отвлеченное существительное содержание употребляется в форме множественного числа в двух типах текстов — в научных статьях по химии (например: Введение мало-нонитрила позволило расширить интервал определяемых содержаний меди до 6 пг — 0,1 мкг) и в трудах по философии и психологии (например: И лишь затем в виде цельной, внутри самого индивида неразложимой схемы переживания играют конструктивную (а порой, как мы увидим, и деструктивную) роль в продуцировании духовных содержаний). Ваш случай не относится ни к тому, ни к другому типу, здесь уместно единственное число существительного содержание. 

Выражение расходы по операциям используется специалистами в финансовой сфере, то есть представляет собой речевой оборот из профессионального языка. Если речь идет об употреблении этого выражения вне профессиональной среды (в частности, в банковском приложении, предназначенном для широкого круга клиентов), то закономерно возникает вопрос о том, будет ли оно понято адресатами так, как это задумано авторами записи.

У приведенных в вопросе слов есть общие структурные признаки: слова состоят из двух частей, первая из которых самостоятельно не употребляется и заканчивается на согласный, вторая самостоятельно употребляется. Написание таких слов устанавливается индивидуально и закрепляется в словаре (см. правило). Слова узкой сферы употребления, такие как игровые термины, в нормативных словарях не фиксируются, но можно дать рекомендацию об их написании, опираясь на действующие в языке закономерности. Части кат, убер новые для нашего языка, у них нет узнаваемого значения. Слова с неосмысляемыми первыми частями на этапе вхождения в язык часто пишутся через дефис, который облегчает их восприятие. Но, осваиваясь в языке, такие слова дефис обычно утрачивают. Так, сейчас слитно пишутся слова со вторым компонентом сцена: авансцена, арьерсцена, мизансцена. В прошлом писали и аван-сцена (фр. avant-scène). Со временем установилось слитное написание слов бефстроганов, бойскаут, ватерполо, волейбол, прейскурант, фокстерьер. Единственное слово с частью убер, закрепленное в словаре, — уберсексуал — пишется слитно. Учитывая приведенные факты, можно рекомендовать слитное написание: катсцена, уберсолдат, убероружие.

Ни один словарь русского языка не обходит своим вниманием интересный в грамматическом отношении глагол колыхаться. Рекомендуем обратиться к материалам словарей, размещенных на нашем портале, и с их помощью уточнить все необходимые сведения.

В этимологических словарях слово варганить не описано. Предположение о его истории сделано в «Толковом словаре русского языка с включением сведений о происхождении слов» под ред. Н. Ю. Шведовой (М., 2011). Процитируем всю словарную статью:

ВАРГАНИТЬ, -ню, -нишь; несов., что (прост.). Делать, изготовлять что-н. (обычно плохо, наспех). || сов. сварганить, -ню, -нишь; -ненный. Быстро сварганил дельце.
 Возм., от варган ‘примитивный музыкальный инструмент’; заимств. через польск. из лат. organum ‘музыкальный инструмент, орган’.

Ваш вопрос не вполне понятен, но все же попробуем ответить. Словари, представленные на портале, включают разное количество слов и словарных статей. Так, в «Русском орфографическом словаре» статей больше, чем в других словарях, например в «Большом толковом словаре русского языка». Но, пользуясь словарями, нужно учитывать, что во многих из них не у каждого слова есть своя собственная словарная статья, некоторые слова (или сочетания слов) можно найти в текстах словарных статей других слов. Например, в «Большом толковом словаре русского языка» слово учительница включено в статью учитель, а в «Русском орфографическом словаре» учительница и учитель — две самостоятельные статьи. При этом в «Русском орфографическом словаре» собственное имя часто входит в статью производного от него слова (Ломоносов — в статью ломоносовский, Новосибирск — новосибирский, Лиссабон — лиссабонский, Прудон — прудонизм и проч.), составное название, фразеологизм — в статью одного из входящих в него слов (лог, луна), в одной статье могут сопоставляться два слова, два произносительных варианта слова (эдем, ладаки и ладакхи). При обновлении портала количество словарных статей в словарях не изменилось, а вот словарей стало больше.