О падеже:  нужен творительный падеж (музеем). Слова заведующий, управляющий, командующий и т. п., по своему происхождению являющиеся причастиями, управляют творительным падежом.

Что касается рода, то мужской род уместен в строгой деловой речи (в приказе: назначить заведующим музеем Иванову...). В обиходной письменной и тем более устной речи верно: заведующая музеем.

В официально-деловом и научном стилях речи имена существительные мужского рода, обозначающие лицо по профессии, занимаемой должности, выполняемой работе, занятию, ученому или почетному званию и т. д., сохраняют свою форму и в тех случаях, когда относятся к лицам женского пола. Правильно только: учёный, женщина-учёный, женщина-врач, педагог Иванова и т. п. 

Форма мужского рода используется в строгой официальной речи в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу называемого лица. Например, в приказе: назначить заведующим кафедрой Иванову... 

В качестве общеупотребительной формы в обиходной письменной и особенно устной речи предпочтительна форма женского рода.

Название Лодзь нужно склонять (в том числе и в функции названия кинотеатра): в "Лодзи".

Да, в начале предложения следует использовать прописную букву. 

Вариант написания может зависеть от внутренних инструкций предприятия.

Особенный образовалось от прилагательного особый с помощью суффикса отыменных прилагательных -енн-.

Постоянный пишется с нн по следующему правилу: двойное н пишется в словах с беглым е между нн, ср.: беспрестанный (беспрестанен), блаженный (блажен и блаженен).

См.: Бешенкова Е. В., Иванова О. Е., Чельцова Л. К. Объяснительный русский орфографический словарь-справочник. М., 2015.

1. От слова бегемот образуется прилагательное бегемотовый, которое может иметь и краткую форму (ср. у А. Иванова: Катамаран вздрагивает, поворачивая бегемотово рыло навстречу препятствию).

2. В первом случае запятая нужна: пахнет, как конфета. Во втором предложении, если имеется в виду модификация выражения выглядеть как конфетка, запятая не требуется: выглядит как конфета.

Название Экажево без родового слова должно склоняться, так как оно образовано по русской модели с помощью суффикса -ов(о) и связано с именем Экаж и фамилией Экажев (ср. Иваново, Павлово). Однако топонимы на -ово в живой речи обнаруживают тенденцию к утрате склонения. Подробнее об этом можно прочитать в разделе «Азбучные истины». 

Составители «Русского орфографического словаря» РАН Е. В. Бешенкова и О. Е. Иванова в книге «Теория и практика нормирования русского письма» (М., 2017) пишут о том, что основанием для кодификации написаний офлайн и офшор стал орфографический прецедент: эти слова были закреплены с одним ф по образцу англицизмов с той же начальной частью, напр.: офис, офсет, офсайд.