Может означать и то, и другое. Из приведенного примера можно сделать вывод, что случаи заготовки древесины на основании договора бывают обычные и исключительные, а в этой статье рассматриваются исключительные.
К сожалению, из текста нельзя сделать однозначный вывод. Можно предположить, что речь идет об эстакадах, мостах и путепроводах, на которых имеется менее трех полос для движения в одном направлении.
Иносказательное выражение содержит в себе иносказание, тайный, скрытый смысл, аллегорию. Нужно там, где требуется уклониться от прямого высказывания, сделать высказывание многозначным, заставить читателя размышлять, анализировать и расшифровывать скрытые значения.
Напомним правило:
Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.
А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)
Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.
Оба варианта возможны, а что касается выбора одного из них, то заранее сделать это не получится: ни замысел автора, ни содержательные особенности конкретного текста, ни его стилистическая принадлежность не известны.
Слово чтобы в данном предложении является подчинительным союзом, который всегда пишется слитно. Раздельно пишется местоимение что с условной частицей бы (но я не могу сказать, что бы тебе следовало сделать).
Думаем, что для большинства носителей русского языка разница между этими двумя синтаксическими конструкциями будет неочевидна.