Оба варианта возможны, а что касается выбора одного из них, то заранее сделать это не получится: ни замысел автора, ни содержательные особенности конкретного текста, ни его стилистическая принадлежность не известны.
Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:
Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)
Верно: как бы это банально ни звучало.
Правильно здесь не.
Правильно: как бы мне ни хотелось...
Это выражение не устаревшее.
Верно: Не это ли путь к счастью?
Правильно: Как бы кто ни относился...
Здесь верно с НИ.
Запятая не требуется.