Вводное слово, стоящее в начале второй части сложного предложения, не отделяется запятой от этой части: Пациенты сами могут сделать многое для своего выздоровления, в частности они для этого должны делать то, то и это.

В обоих случаях значения производные (переносные), поскольку бежать в прямом значении - "быстро продвигаться в определённом направлении, попеременно отталкиваясь ногами от земли". Для уточнения используйте толковые словари (прямое значение всегда представлено под номером 1).

И ремарки, и так называемая авторская речь — это высказывания автора, сопровождающие прямую речь персонажа, так что имеет смысл говорить только о соотношении ремарок и прямой речи, авторской и прямой речи, но не о соотношении ремарок и авторской речи. В параграфе 158 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина приводится пример авторской ремарки внутри прямой речи: Я не понимаю теперь: кто чужой в этом городе, — мы или они? (Он кивнул на балкон особняка.) Нас не хотят больше слушать (А. Т.).

Если в сложноподчиненном предложении придаточная часть усечена до одного союзного слова, то запятая между ней и главной частью не ставится: Я рекомендую думать не о том, что конкретно вы должны делать, а о том почему.

Прилагательное парфюмерный имеет значение 'связанный с парфюмерией, парфюмом'. Например: парфюмерная промышленность, парфюмерный магазин. Тогда как слово парфюмированный произведено от глагола парфюмировать 'придавать какой-либо аромат; делать благовонным'. Например: парфюмированные свечи, парфюмированная косметика.

Если точка (или иной знак препинания) являются частью наименования, то после такого наименования ставится знак препинания, указывающий на конец предложения. Например: Я прочитал роман Чернышевского "Что делать?".; Я прочитал книгу Пелевина «Transhumanism Inc.». 

Сами по себе слова к тому же  не обособляются. Но выделяются запятыми присоединительные обороты, начинающиеся этим союзом, например: Я не смогу выполнить это поручение: времени очень мало, к тому же я не умею делать два дела сразу.

Оба варианта возможны, но имеют разные значения. «Выполнять указания» означает действовать в соответствии с полученными инструкциями, делать то, что сказано. «Соблюдать указания» подразумевает следование правилам или рекомендациям, не обязательно полученным в виде конкретных инструкций.

После русских приставок, кончающихся на согласный (кроме приставок сверх- и меж-), пишется ы.

В данном случае в приставке с- нет необходимости, лучше использовать глагол интегрироваться (он может отвечать и на вопрос "что делать?", и на вопрос "что сделать?").