Слова и зачастую находящихся в разных странах выступают в роли присоединительного члена предложения, поэтому отделяются запятой: Это общемировая тенденция – работа в больших коллективах, и зачастую находящихся в разных странах. С точки зрения стилистики лучше перестроить предложение: Это общемировая тенденция – работа в больших коллективах, которые зачастую находятся в разных странах.

Фраза построена таким образом, что причастный оборот можно понять как обстоятельство причины ("поскольку место было защищено скалами, оно было далеко"). Хотя смысл основной части предложения такое обстоятельственное значение опровергает. Это значит, что предложение "неисправно" со стилистической точки зрения, нужно его перестроить: Это место, защищенное скалами, было далеко от маяка.

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Словосочетание приводить в пример допустимо использовать в случае, когда что-либо рассматривается как иллюстрация тезиса, суждения. В «Национальном корпусе русского языка», к которому рекомендуем обратиться, более 250 цитат разных авторов, что несомненно позволит найти убедительные подтверждения разнообразного с семантической и стилистической точки зрения использования оборота приводить в пример.

Сочетание не сомневаюсь нужно выделить как вводное — с его помощью говорящий выражает высокую степень уверенности в сообщаемом. С точки зрения синтаксиса приведенный пример интересен тем, что это вводное сочетание находится внутри другой вводной конструкции — предложения как вы знаете, указывающего на источник сообщения: ...как вы, не сомневаюсь, знаете...

Слово пользование есть в русском литературном языке, но характерно скорее для деловой, канцелярской речи (ср.: пользование электроэнергией, разрешение на пользование оружием, взять землю в личное пользование, места общего пользования). Слово использование более нейтральное. Поэтому из двух приведенных Вами вариантов (верных с точки зрения грамматики) мы бы выбрали условия использования сайта.

Приведенные Вами сочетания неудачны с лексической точки зрения. В области официальных наименований иногда встречаются подобные образования (например, деревня Новая Деревня), но распространять эту модель не стоит, родовое слово дублировать в названии не нужно, писать его правильно со строчной буквы: Вострый меч, Чёрная булава, Ультраклинок, Мегабластер. Части мега- и ультра- пишутся слитно.

Это прилагательное не зафиксировано нормативными словарями, и возможны два варианта его написания: слитное спутанноволокнистый, так как сложное прилагательное образовано от словосочетания, члены которого объединены подчинительной связью (спутанные волокна), и дефисное спутанно-волокнистый, так как с формальной точки зрения в первой части слова присутствует самостоятельный суффикс прилагательного. Мы бы рекомендовали второй вариант. 

Не обособляются определения, стоящие после определительных местоимений (в том числе весь) и образующие с ними единую группу (ударение падает на определение). Запятая после все не требуется.

Что касается второго вопроса, то не вполне ясен смысл слов по легенде учений. Если они указывают на источник сообщения, то могут быть вводными и обособляться.