В данном случае слово и употреблено в роли частицы, оно служит для выделения, подчёркивания сочетания весь коллектив. На пунктуацию это не влияет, знаки препинания Вы расставили правильно.

Мужскую фамилию Пастушок можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Пастушка, Пастушку и т. д.) и с сохранением гласного (Пастушока, Пастушоку и т. д.). Решение принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант склонения, так как в этом случае, во-первых, из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии, а во-вторых, склонение фамилии будет отличаться от склонения соответствующего нарицательного существительного.

Да, хотя по-латыни не оканчивается на -ому, -ему, -цки, -ски, -ьи, тем не менее такое написание установилось именно под влиянием наречий типа по-немецки, по-английски, по-русски. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» наречие по-латыни описывается поэтому в примечании к параграфу, где идет речь о дефисном написании наречий с приставкой по-, оканчивающихся на -ому, -ему, -ски, -цки, -ьи.

Возможны варианты:

• ...подумаю: отпустить тебя или нет?
• ...подумаю, отпустить тебя или нет.

Оба варианта корректны. Предложение можно рассматривать как простое, с подлежащим собрать и сказуемым задача (между ними необходимо тире), а можно — как бессоюзное сложное, первая часть которого представляет собой номинативное предложение (поскольку во второй части содержится объяснение, перед ней нужно двоеточие). 

Применительно к специальной литературе крайне странно говорить о неожиданном присоединении — такой «спецэффект» органичен только для художественных текстов, а потому в приведенном контексте тире неуместно. Представляется также необходимым оформить фрагмент как единое предложение: После наполнения бака водой реле уровня срабатывает и закрывается задвижка подачи воды, автоматически включается компрессор и открывается задвижка подачи сжатого воздуха (если всё перечисленное действительно происходит после наполнения бака водой; если же компрессор включается и задвижка открывается в какой-то другой момент, нужно указать, что это за момент).

В этом бессоюзном сложном предложении можно оставить запятую как знак перечислительных отношений либо заменить ее на двоеточие, поскольку между первой и второй частью можно усмотреть отношения причины, обоснования (автор считает, что гроза должна прийти, потому что всё ждёт её).

Запятая нужна: придаточная часть чтобы выжить выделяется с двух сторон. Сравним: ...и ему придется убивать противников, чтобы выжить.

Знаки препинания здесь не требуются (во всяком случае, если рассматривать предложение вне контекста, в который оно включено).

Нормативными словарями современного русского языка это слово не зафиксировано, поэтому орфографическую норму нельзя назвать установившейся. Однако мы бы рекомендовали слитное написание.