Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.

Трудно дать однозначный ответ, не зная контекста. Если это прозвище доктора, которое функционирует как имя (в том числе, например, имя персонажа художественного произведения), правильно писать оба слова с прописных, например: «Вот и всё», — сказал Умелые Руки, закончив перевязку. Если же речь о том, что доктор умелец, корректно строчными, например: Василий у нас доктор «умелые руки», советую к нему обратиться. Ср. также: доктор у нас умелые руки.

Написание автодорога Казань — Ульяновск — Камское Устье означало бы, что дорога начинается в Казани, проходит через Ульяновск и заканчивается в Камском Устье. Между тем речь идет о дороге, которая начинается на одном из участков дороги Казань — Ульяновск и уходит в сторону от нее, заканчиваясь в Камском Устье. Таким образом, сочетание «Казань — Ульяновск», взятое в кавычки, выступает в данном случае как условное составное обозначение начального пункта автодороги.

Прямая речь может оформляться двумя способами. Если прямая речь идет в строку (в подбор), то она заключается в кавычки. Если прямая речь начинается с абзаца, то перед ней ставится тире (кавычки отсутствуют). Выбор способа оформления прямой речи зависит от задач автора. Скажем, если нужно наглядно показать обмен репликами между разными персонажами (диалог), удобнее использовать второй вариант оформления прямой речи (без кавычек, каждая реплика начинается с новой строки и предваряется тире).

Вот основные:

• Мильчин А. Э., Чельцова Л. К. Справочник издателя и автора. – 4-е изд. – М., 2014.
• Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006 (и более поздние издания).
• Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по русскому языку: правописание, произношение, литературное редактирование. – 7-е изд. М., 2010.
• Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011.

Тормозок – набор продуктов на работу, в дорогу; на транспорте и предприятиях, где невозможно или сложно организовать регулярное питание в столовой. Словари русского литературного языка это слово не фиксируют, что позволяет сделать вывод о его употребительности лишь в разговорной речи и жаргонах.

Возможно, сейчас тормозок связан с глаголом тормозить - метафорически "остановиться, чтобы перекусить". Однако жаргонные словари возводят это слово к уголовному жаргону, где тормозок - "вещевой мешок" (буквально: ноша, которая тянет, затормаживает).

Есть основания рассматривать -тельниц- как один суффикс. Слово очаровательница называет женщину, которая очаровывает, значит производящая основа — это основа глагола очарова-, словообразовательный суффикс -тельниц-. Однако А. Н. Тихонов в «Словообразовательном словаре» фиксировал слово очаровательница как образованное от  очарователь. Если устанавливать такую словообразовательную связь, то нужно выделять суффиксы -тель- и -ниц-. Ослабляет вторую позицию то, что существование слова очарователь можно поставить под сомнение. Употребляется оно крайне редко, словарями не фиксируется.
Информация доступна здесь.

Начнем с конца. Слова типа ДНК-тест, ПВО-система зафиксированы академическим «Русским орфографическим словарем», они пишутся через дефис (см. также ресурс «Проверка слова»). Приставка, которая присоединяется к слову, начинающемуся с заглавной буквы, тоже пишется через дефис, и об этом тоже есть информация в словаре. Образования с аббревиатурой в середине пока словарем не отмечены, но по правилам логично писать их с двумя дефисами. Возможно, словами такой модели уже нужно дополнить словарь, передадим Ваш вопрос лексикографам.

Самотлорское месторождение — географическое название, написание которого подчиняется правилу, приведенному в параграфе 169 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина; название Самотлорское нефтяное месторождение включено в «Словарь собственных имен». Сочетание месторождение «Самотлор» представляет собой условное наименование (Самотлор — озеро, рядом с которым находится месторождение), наподобие сочетаний типа остановка «Улица Лесная» (которая, возможно, находится не на улице Лесной, а рядом); см. параграф 175 того же справочника.