В обоих значениях возможно: трюфелЯ и трЮфели. В «Русском орфографическом словаре» РАН под ред. В. В. Лопатина и О. Е. Ивановой и «Орфоэпическом словаре русского языка» под ред. Р. И. Аванесова эти варианты даны как равноправные.
Нет, запятые не нужны.
В первом случае прилагательное относится к существительному мужского рода (журнал), во втором случае – к существительному женского рода (книга). При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще ставится в форме именительного падежа множественного числа. Но и вариант три новых книги возможен.
Запятые не нужны: Человек в форме полицейского зашел в здание.
Оба варианта корректны.
Да, здесь правильно слитное написание.
См. в Проверке слова.
Предпочтительна форма множественного числа сказуемого.
Верно: Московское море.
Запятую ставить нужно: это сложноподчиненное предложение: Ждёт, когда рак на горе свистнет. Первая грамматическая основа – сказуемое ждёт (подлежащее восстанавливается из контекста), вторая – рак свистнет.